Jest środek wakacji. Harry Potter powrócił do domu swojego wujostwa po raz pierwszy od momentu rozpoczęcia czarodziejskiej edukacji i nowego etapu w swoim życiu. Akurat wypada dzień jego urodzin, a okazują się one najgorszymi z pośród dotychczasowych. Nie zapomnieli o nich bowiem wyłącznie Dursleyowie, ale także jego najlepsi przyjaciele: Ron, Hermiona, Hagrid… Co więcej, od chwili rozstania nie dostał od nich jakiejkolwiek wiadomości! Perspektywa urodzinowego wieczoru również nie prezentuje się kolorowo – Dursleyowie spodziewają się wizyty ważnych gości, państwa Masonów, a Harry ma obowiązek w tym czasie siedzieć cicho w pokoju i udawać, że nie istnieje. To założenie zostaje jednak wystawione na próbę, gdyż chłopaka odwiedza domowy skrzat – Zgredek, i próbuje mu wyperswadować powrót do Hogwartu, przy czym ucieka się najpierw do szantażu, a następnie dywersji co w efekcie kończy się zabryzganiem kuchni leguminą ciotki Petunii, kompromitacją wujostwa w oczach gości, ostrzeżeniem dla Harry`ego ze strony Ministerstwa Magii i nałożeniem na chłopaka aresztu domowego.
Harry, który i bez krat w oknach zawsze czuł się więźniem na Privet Drive, teraz całkowicie pogrążył się w najczarniejszych myślach. Nieoczekiwanie z opresji ratuje go Ron i jego dwaj bracia (bliźniacy), organizując spektakularna ucieczkę Harry`ego przy użyciu latającego Forda Anglia należącego do ojca rudzielców. Chłopcy bezpiecznie docierają do domostwa Weasleyów – Nory, gdzie Harry zostaje niezwykle ciepło przyjęty, a także poznaje sekrety czarodziejskiej posiadłości oraz pozostałych członków rodziny swojego najlepszego przyjaciela. Kiedy przychodzą tradycyjne listy ze szkoły, Weasleyowie i Harry wybierają się na zakupy, oczywiście na ulicę Pokątną, gdzie mają się również spotkać z Hermioną. Wykorzystują przy tym nieznany dotąd Harry`emu sposób podróżowania, a mianowicie kominkowy transport za pomocą proszku Fiuu. Ze względu na brak doświadczenia w tej dziedzinie, Potter trafia przez pomyłkę do ponurego sklepu Borgina i Burkesa na ulicy Śmiertelnego Nokturnu, gdzie omal nie natyka się na Draco Malfoya. Z mrocznego i nieprzyjemnego zaułka ratuje go Hagrid i odprowadza na Pokątną, gdzie wszyscy robią pomniejsze zakupy (oczywiście po odwiedzeniu Banku Gringotta), by ostatecznie spotkać się w księgarni Esy i Floresy. Tam akurat odbywa się spotkanie z autorem podręczników i (jak się później okazuje) nowym nauczycielem obrony przed czarną magią w Hogwarcie – Gilderoyem Lockhartem. Harry, ku swojemu niezadowoleniu zostaje sfotografowany z Lockhartem co daje powód do drwin Draco Malfoyowi, który wraz z ojcem odwiedził akurat księgarnię. Mała sprzeczka kończy się w efekcie publiczną bójką między Malfoyem seniorem, a panem Weasleyem. Po tym incydencie wszyscy wracają, w dość napiętej atmosferze, do domu. Harry pozostajew Norze aż do końca wakacji, który to okres okazał się dla niego niespodziewanie radosny i szczęśliwy.
Nastaje dzień podróży do Hogwartu. W Norze panuje nerwowa krzątanina i zapalczywy wyścig z czasem. Ostatecznie Weasleyowie wraz z Harrym przybywają w porę na dworzec. Tam dzieje się jednak coś dziwnego – barierka będąca przejściem na ukryty peron 9 i 3/4, nie chce przepuścić Harry`ego i Rona. Zdesperowani chłopcy decydują się użyć zaczarowanego Forda Anglia, aby dostać się do szkoły. Z początku urokliwa i ekscytująca forma podróży, szybko okazuje się być męcząca i niebezpieczna do tego stopnia, że podczas „awaryjnego” lądowania auto uderza w Wierzbę Bijącą , która sama odnosi obrażenia, a także zadaje je pojazdowi, jego pasażerom i… różdżce Rona. Chyba nie mogło być gorzej… A jednak! Potter i Weasley zostają złapani przez profesora Snape`a, który uświadamia im, że w czasie lotu zostali zaobserwowani przez mugoli i sugeruje wydalenie ze szkoły. Na szczęście sytuację ratuje profesor McGonagall wraz z Dumbledore’em, a wyczyny dwójki Gryfonów zostają „nagrodzone” jedynie szlabanami i nagannymi listami do rodzin. Ten drugi wariant okazuje się druzgocący dla Rona ponieważ nazajutrz otrzymuje on od mamy wyjca czym wystawia się na ogólne pośmiewisko.
Pierwsze dni szkoły upływają Harry`emu pod znakiem Gilderoya Lockharta, który okazuje się być napuszonym mitomanem, a ponadto uważa, że wszystko co robi Harry jest uwarunkowane patologiczną chęcią dążenia do sławy. Co gorsza, Potter wyrasta na idola w oczach małego i natrętnego Colina Creeveya co wspomniany nauczyciel skwapliwie wykorzystuje, aby udowodnić swoją tezę. Sam Lockhart jest także nieudacznikiem – już pierwsza lekcja obrony przed czarną magią kończy się zaatakowaniem uczniów przez chochliki kornwalijskie i całkowitą bezradnością nauczyciela w tej kwestii… W międzyczasie na lekcji zielarstwa drugoklasiści poznają niezwykłe rośliny – mandragory, które mimo groteskowego wyglądu zdradzają swoje niezwykłe właściwości.
Rozpoczynają się treningi quidditcha, a nowym szukającym Ślizgonów zostaje Draco Malfoy, który z pomocą ojca zdołał się wkupić do drużyny (Lucjusz wyposażył reprezentację Slytherinu w nowe Nimbusy 2001). Podczas pierwszego treningu dochodzi do utarczki pomiędzy Gryfonami a Ślizgonami. Draco używa wobec Hermiony wulgarnego epitetu jakim jest „szlama”. To wyprowadza Rona z równowagi i rzuca na Ślizgona urok, który jednak odbija się rykoszetem poprzez fakt, że różdżka Weasleya była uszkodzona. Rudzielec chcąc nie chcąc zaczyna wymiotować ślimakami i taki stan rzeczy utrzymuje się do wieczora kiedy to on i Harry mają odrobić swoje szlabany. Ten ostatni pomaga Lockhartowi odpisywać na listy wielbicieli, ale po kilku godzinach pracy dzieje się coś niepokojącego. Chłopak słyszy dziwny,przerażający głos, którego nikt inny nie słyszy… Sprawa wygląda dość podejrzanie.
Duch rezydent Gryffindoru, Prawie Bezgłowy Nick zaprasza Harry`ego wraz z przyjaciółmi na przyjęcie z okazji 500 rocznicy jego śmierci, które ma odbyć się w Noc Duchów. Dzieciaki zgadzają się, ale wychodzą z przyjęcia wcześniej, gdyż niezbyt dobrze się bawili. Harry znów słyszy tajemniczy głos i zaczyna iść jego tropem. Natrafiają na złowrogi napis na ścianie jednego z korytarzy Hogwartu głoszący „Komnata Tajemnic została otwarta”, a pod nim sztywną kotkę Filcha, Panią Norris. Podejrzenia padają na Harry`ego, ale Dumbledore je zdecydowanie ucina. Okazuję się, że zdarzenie ma związek ze szkolną legendą mówiącą iż gdzieś w Hogwarcie Salazar Slitherin zbudował tajemną komnatę, którą może otworzyć tylko jego prawowity dziedzic. A kiedy to nastąpi, uczniowie pochodzący z mugolskich rodzin znajdą się w śmiertelnym niebezpieczeństwie. Harry, Ron i Hermiona na własną rękę starają się odkryć kto jest dziedzicem Slitherina. Podejrzewają o to Draco Malfoya, a żeby zdobyć dowody postanawiają uwarzyć skomplikowany i zaawansowany Eliksir Wielosokowy.
Tymczasem podczas pierwszego w sezonie meczu quidditcha, jeden z tłuczków, najwyraźniej zaczarowany, atakuje nieustannie Harry`ego w końcu łamiąc mu rękę. Nie przeszkadza to jednak Potterowi w brawurowym złapaniu znicza. Po meczu profesor Lockhart, chcąc uleczyć złamane ramię, pozbawia chłopaka wszystkich kości z owego ramienia co dla Gryfona kończy się nocą w skrzydle szpitalnym, gdzie odwiedza go Zgredek. Skrzat wyznaje iż to on zablokował przejście na peron i zaczarował w wiadomy sposób tłuczek. Pociągnięty przez Harry`ego za język wyjawia również, że Komnata Tajemnic została już otwarta 50 lat temu. Dosłownie w kilka sekund po tym na salę zostaje wniesione nieruchome ciało ofiary kolejnej napaści, tym razem Colina Creeveya. Dumbledore potwierdza prawdziwość złowrogich słów wypisanych na ścianie…
W związku z niepokojącymi napaściami, z inicjatywy Lockharta w szkole powstaje Klub Pojedynków. Na pierwszym i (jak się później okazało) ostatnim spotkaniu dochodzi do incydentu w wyniku, którego wychodzi na jaw, że Harry potrafi rozmawiać z wężami. Prowadzi to do sytuacji iż wszyscy myślą, że to on otworzył Komnatę Tajemnic i jest dziedzicem Slytherina, gdyż i legendarny założyciel Hogwartu był „wężousty”. Dochodzi do następnych ataków, a co gorsza na ich miejscu w skutek zbiegu okoliczności pojawia się Harry nie posiadający żadnego alibi. Ofiarami są Justin Finch-Fletchey oraz Prawie Bezgłowy Nick. Harry jest szykanowany już przez większość szkoły. Sprawy zaszły na tyle daleko, że chłopak zostaje zaprowadzony do gabinetu dyrektora, który dość nieoczekiwanie daje wiarę wszystkim słowom Pottera i nie stawia mu żadnych zarzutów.
Przyjaciele kończą sporządzać EliksirWielosokowy, dzięki któremu Harry i Ron przybierają postać Crabbe`a i Goyle`a, ale w wyprawie do pokoju wspólnego domu Slytherin nie towarzyszy im Hermiona, której wyraźnie coś się stało. Ostatecznie okazuje się, że Malfoy nie wie nic o dziedzicu Slitherina, a Hermiona przez pomyłkę, ale i głupotę przemieniła się w kota… nie do końca.
Przypadkowo w ręce Harry`ego wpada stary, niezapisany dziennik należący do nijakiego Toma Riddle`a. Zgłębiając tajemnicą, cokolwiek pustego zeszytu, Harry pisze w nim kilka słów i ze zdumieniem odkrywa, że dziennik mu odpisuje! Po krótkiej „konwersacji” z przedmiotem Harry zostaje przeniesiony do wspomnienia jego właściciela, z której to wyprawy wnioskuje, że to Hagrid otworzył Komnatę Tajemnic! Gdy niedługo potem mecz quidditcha przeciw Puchonom zostaje odwołany ze względu na kolejną napaść, której ofiarą padły tym razem Penelopa Clearwater – prefekt Ravenclawu i… Hermiona, Harry i Ron decydują się porozmawiać z Hagridem na z pewnością trudny dla niego temat…
Chłopcy wymykają się z zamku i docierają do chatki Hagrida, ale gospodarz okazuje się być mało towarzyski i dziwnie zdenerwowany. Chwilę później gajowego odwiedzają Albus Dumbledore, Korneliusz Knot i Lucjusz Malfoy. Rezultatem spotkania jest zesłanie Hagrida do Azkabanu, więzienia dla zdegenerowanych czarodziejów oraz odwołaniu Dumbledore`a z funkcji dyrektora Hogwartu. Na odchodne gajowy rzuca w kierunku ukrytych pod peleryną niewidką chłopców, żeby szli za pająkami. Przez kilka dni rozważają tą radę, aż w końcu decydując się wyruszyć w głąb Zakazanego Lasu, gdyż według ich obserwacji tam właśnie kierowały się wszystkie pająki. Eskapada o mały włos nie kończy się tragicznie ponieważ jej celem okazało się być legowisko olbrzymich pająków – Akromantul, których głową rodziny był niejaki Aragog, przyjaciel Hagrida. Pomimo niezbyt ciepłego przyjęcia ze strony stworzeń, Harry i Ron dowiadują się, że to nie ich wielki przyjaciel otworzył Komnatę Tajemnic oraz, że to nie Aragog jest bestią egzystującą w Komnacie, ale jest nią potwór, którego pająki boją się na tyle iż nie wypowiadają nawet jego imienia. Sędziwy pająk opowiada im także, że 50 lat temu ów potwór zabił dziewczynkę, a morderstwo miało miejsce w toalecie. To daje Harry`emu do myślenia i sprowadza do tezy iż to Jęcząca Marta, duch dziewczyny mieszkający w toalecie jest ofiarą sprzed lat…
Z pomocą bądź co bądź sztywnej Hermiony, Harry i Ron odkrywają, że potwór z Komnaty Tajemnic to Bazyliszek. Sprawy przybierają jednak dramatyczny obrót, gdyż porwana zostaje siostra Rona, Ginny. Przygnębieni, ale i zmotywowani do działania chłopcy idą do Lockharta, aby przekazać mu cenne wskazówki i informacje jakie zebrali. Zzaskoczeniem stwierdzają jednak, że nauczyciel szykuje się do rychłego wyjazdu i nie ma najmniejszego zamiaru odwiedzać Komnaty Tajemnic. Pozbawieni wyboru młodzi Gryfoni siłą zmuszają go do pójścia z nimi do łazienki Jęczącej Marty, a następnie poszukiwania Komnaty. Podczas wędrówki w tunelu, głęboko pod szkołą, na skutek zdradzieckiego zaklęcie Lockharta rzuconego zepsutą różdżką Rona, wali się kamienny sufit i oddziela Harry`ego od Rona. Potter rusza w dalszą drogę sam, a gdy odnajduje legendarne miejsce zbudowane przez Salazara Slytherina, znajduje również nieprzytomną, ledwo żywą Ginny. Zupełnie nieoczekiwanie na miejscu spotyka także Toma Riddle`a, właściciela dobrze znanego Harry`emu dziennika. Z rozmowy jaka się między nimi wywiązuje wynika, że to Riddle jest dziedzicem Slytherina, ba, jest Lordem Voldemortem, a jego długofalowym celem nie było oczyszczenie szkoły z osobników „brudnej” krwi, ale był nim on, Harry… Wierność i oddanie Harry`ego wobec Dumbledore`a przywołuje do niego Fawkesa, feniksa należącego do dyrektora, który przynosi Potterowi Tiarę Przydziału, z której ten wyjmuje potężny, bogato zdobiony miecz (jak się później okazuje, należący do Godryka Gryffindora). Wcześniej jednak dochodzi do walki między chłopcem a potworem Slytherina – Bazyliszkiem, którą ostatecznie wygrywa „Chłopiec Który Przeżył”. Jest to jednak cokolwiek „Pyrrusowe Zwycięstwo”, gdyż jeden z jadowitych kłów gada wbił mu się w ramię i zaczął sączyć truciznę do krwi Pottera… Resztkami sił wbija zdradziecki kieł w dziennik Riddle`a co powoduje jego (Toma) zniknięcie, a jednocześnie przebudzenie się Ginny, która jest bardzo roztrzęsiona i wyznaje Harry`emu całą prawdę. W międzyczasie jeszcze, rana Harry`ego zostaje wyleczona za sprawą mających niezwykłą moc łez feniksa. Oboje docierają do miejsca, w którym Harry rozstał się z Ronem. Razem z nim czeka tam także pozbawiony pamięci na skutek wiadomego wypadku, Gilderoy Lockhart. Wszyscy czworo wydostają się z podziemi dzięki Fawkesowi, do listy zdolności którego trzeba dopisać także możliwość przenoszenia ogromnych ciężarów….
Bohaterowi osiągają Hogwart i wiedzieni przez feniksa docierają do gabinetu profesor McGonagall, gdzie ze szczegółami opowiadają zgromadzonym całą historię jaka była ich udziałem. W efekcie Harrym i Ron otrzymują Nagrody Specjalne Za Zasługi Dla Szkoły i olbrzymie premie punktowe. Zamieszać próbuje jeszcze Lucjusz Malfoy, ale Dumbledore wszystko dokładnie mu klaruje i „zamyka usta”. Okazuje sie przy tym, że to właśnie Malfoyowi byli właścicielami Zgredka, który zostaje uwolniony z ich mocy na skutek sprytnego i przebiegłego planu autorstwa Harry`ego. To rozsierdza Lucjusza już do granic możliwości, ale w zaistniałej sytuacji z bólem odkrywa, że nie ma tu nic do powiedzenia. Jakiż srogi będzie jego zawód, kiedy za kilka dnizostanie odwołany z Rady Nadzorczej Hogwartu…
Rolę „happy endu” pełni specjalnie zorganizowana uczta w Wielkiej Sali, która z racji późnej pory i specyficznych okoliczności, przybiera formę swoistego „pidżama party”. Tłum zaspanych i ziewających, ale jakże szczęśliwych uczniów, do których niebawem dołączają także ci do niedawna spetryfikowani, a to za sprawą zażycia specjalnego wywaru z mandragor. Profesor McGonagall ogłasza, że egzaminy końcowe zostały odwołane, że Harry i Ron zdobyli dla Gryffindoru 400 punktów, a żeby radości stało się zadość, nad ranem pojawia się oswobodzony z Azkabanu Hagrid i tak pełna wiwatów zabawa trwa do samego rana… Minęło jeszcze kilka dni semestru i zanim się obejrzeli już byli spakowani i jechali pociągiem w kierunku Londynu..
