Spośród wielkiej różnorodności gatunków bakterii tylko skromny procent stanowią te, które powodują choroby.
Znanych jest około 200 gatunków bakterii powodujących choroby roślin. Objawami tych chorób mogą być między innymi: więdnięcie, nekrozy, zgnilizny i powstawanie rakowatych narośli. Bakteryjne choroby zwierząt natomiast często przypominają choroby ludzi bądź są z nimi tożsame.
Przyczyną występowania objawów bakteryjnych chorób zakaźnych jest namnażanie się bakterii w tkankach i wydzielanie przez nie substancji o charakterze toksycznym, przede wszystkim jadów. Jady bakteryjne dzielimy na dwie grupy: wydzielane poza komórkę egzotoksyny oraz uwalniane z komórki w czasie jej rozpadu endotoksyny. Podczas gdy bakterie nie wnikają do narządów, ich jady mogą wraz z krwią rozprzestrzeniać się po organizmie. Często zakażenie nie powoduje rozwoju choroby bądź powoduje po długim okresie nosicielstwa. Dopiero rozwój bakteriologii i medycyny w XIX i XX wieku doprowadził do opanowania klęski epidemii bakteryjnych. W wiekach średnich epidemie cholery czy dżumy dziesiątkowały ludność całych kontynentów. Obecnie, dzięki szczepieniom ochronnym i innym działaniom prewencyjnym, a także dzięki wprowadzeniu leków takich jak antybiotyki i sulfonamidy, zakażenia bakteryjne zostały w znacznym stopniu ograniczone, choć nadal pozostają groźne. Do najważniejszych chorób bakteryjnych człowieka należą: cholera, trąd, gruźlica, dur brzuszny, czerwonka bakteryjna, angina, szkarlatyna, krztusiec, borelioza (przenoszona przez kleszcze), zapalenie opon mózgowych, kiła, rzeżączka. Oprócz typowych chorób możemy wyróżnić zatrucia, w których nie namnażanie się bakterii w organizmie człowieka, lecz obecność wydzielanych egzotoksyn jest przyczyną stanu chorobowego. Do najczęstszych należą zatrucia pokarmowe, powodowane przez bakterie z rodzaju Salmonella, do najgroźniejszych – zatrucie toksyną produkowaną przez laseczkę tężca oraz jadem kiełbasianym wydzielanym przez laseczkę jadu kiełbasianego.
