Pierwsza informacja o hejnale granym z wieży kościoła Mariackiego pojawiła się w zapiskach kronikarskich już w 1392 roku. Był on odgrywany na wyższej wieży, która służyła jako strażnica miejska. W średniowieczu czuwający na niej dniem i nocą trębacz dawał hejnałem sygnał do zamknięcia lub otwarcia bram w murach miejskich, a także wówczas, gdy dostrzegł pożar lub zbliżającego się wroga.
Legenda głosi, że w 1240 r. strażnik pełniący straż na wieży kościoła Mariackiego, zauważywszy zbliżających się Tatarów, rozpoczął granie hejnału, by ostrzec załogę grodu przed zbliżającym się niebezpieczeństwem. Gdy zaczął trąbić na alarm, ugodziła go w szyję strzała tatarskiego wojownika i trębacz nie dokończył swej melodii. Na pamiątkę czujnego krakowskiego strażnika melodia grana do dziś z mariackiej, wyższej wieży kościoła, urywa się w połowie taktu.
Hejnał odgrywano nieprzerwanie aż do 2. poł. XVIII w., kiedy to z powodu gospodarczego upadku miasta nie było stać na utrzymanie hejnalisty. Powrót do tradycji odgrywania hejnału nastąpił dzięki parze mieszczan – Tomaszowi Krzyżanowskiemu i Juliannie Krzyżanowskiej z Lichockich. W zapisie testamentowym przekazali oni na ten cel określoną sumę pieniędzy i od 1810 r. do 1939 r. hejnał rozbrzmiewał bez przeszkód o każdej pełnej godzinie dnia i nocy.
W 1927 r. bezpośrednią transmisję z wieży mariackiej w południe rozpoczęła Rozgłośnia Polskiego Radia w Krakowie. Zwyczaj ten jest kultywowany do dzisiaj; przerwano go jedynie w czasie okupacji hitlerowskiej; wówczas okupanci zezwolili tylko na dwukrotne granie hejnału – o godz. 12 i 19.
