Wraz ze zmianami zachodzącymi w całym państwie zmieniała się także rola i funkcja kościoła. W początkach swego istnienia kościół pozostawał w służbie państwa, jednak reprezentowany był przeważnie przez przybyszów z zagranicy. W ciągu XI w. Sytuacja zmieniła się o tyle, że hierarchia kościelna zaczęła się rekrutować z możnowładztwa. Reprezentujący interesy swej grupy społecznej, stanowiła jednak nadal fundament organizacji państwowej.
W ciągu XII w. papiestwo rozpoczęło energiczną akcję zmierzającą do zmiany tego stanu rzeczy. Już od początku stulecia do Polski przyjeżdżali legaci, by episkopat polski podporządkować Rzymowi, a także przeprowadzić reformę wewnętrzna kościoła polskiego zgodnie z przepisami i normami obowiązującymi na Zachodzie (m.in. chodziło o znajomość liturgii, elementów prawa kanonicznego, o regułę umiarkowanego życia i celibat) Akcja prowadzona z różnym natężenia przez całe stulecie nie dała natychmiastowego rezultatu. Przełom przyniósł ze sobą dopiero schyłek stulecia. Wpływ kościoła na Kazimierza Sprawiedliwego, później Leszka, rozpowszechnianie idei dewocjonalnych w polskich środowiskach dworskich wiązały się z wewnętrznymi reformami. Początki ich przeprowadzone były przez przybyszów z Malonne, braci -Aleksandra i Waltera, walczących już w połowie XII w. O podniesienie poziomu moralnego duchowieństwa i utwardzenie dyscypliny. Ale właściwym realizatorem reformy był arcybiskup Henryk Kietlicz który walczył o dyscyplinę i celibat kleru oraz nadrzędną rolę kościoła w stosunku do państwa. Popierając uległych sobie książąt uzyskał w latach 1210 i 1215 przywileje (borzykowskie i wolborskie), będące podstawą daleko idącej samodzielności. Przejawiła się ona we własnym sądownictwie kościelnym opartym na prawie kanonicznym, w immunitecie gospodarczym, w zniesieniu prawa księcia do przejmowania majątku zmarłego biskupa i wreszcie -poważnym ograniczeniu roli władzy świeckiej przy obsadzie biskupstw. Na początku XIII w. Utarł się bowiem zwyczaj, że biskupi, odgrywający bardzo ważną rolę w życiu politycznym, gospodarczym i kulturalnym, powoływani byli na swe stanowiska przez kolegialnie działającą kapitułę.
Duża samodzielność episkopatu wyrażała się także w polityce wewnętrznej i zagranicznej. W drugim i trzecim dziesięcioleciu XIII w. Większość dzielnic Polski znalazła się pod tzw. Protekcją, a praktycznie pod wpływem papieża, co połączone było z dalszym wzrostem znaczenia kleru, a także ze zwiększeniem opłat przeznaczonych dla kamery apostolskiej , tzw. Świętopietrza
W XIII w. W zasadzie zakończył się podział diecezji na ośrodki parafialne, podstawowe komórki życia religijnego i kulturalnego. Oparły się one głównie na istniejącej już sieci kościołów grodowych, targowych i prywatnych. Wówczas też doszło do zastąpienia instytucji kościoła prywatnego -instytucją patronatu, co ograniczyło, ale nie usunęło całkowicie, dużego wpływu właścicieli ziemskich na proboszczów. Parafie stały się tymi komórkami których działalność nie ograniczała się do najwyższych klas uprzywilejowanych, ale docierała do całego społeczeństwa.
Równie wielką rolę odegrały rozwijające się klasztory. W XII i XIII w. Powstawały nowe osady zakonne kanoników regularnych, norbertanów i przede wszystkim -cystersów. Przełomem w dziejach kościoła Polskiego było pojawienie się w trzecim dziesięcioleciu XIII w. zakonów żebraczych -franciszkanów i dominikanów. Działalność ich była możliwa tylko w dużych skupiskach ludności -tj. w miastach. Reprezentowały one w tym pierwszym okresie swej działalności radykalny kierunek społeczny w swojej ideologii, nawołujący do ubóstwa, a wywodzący się z wielkich przemian społecznych, które rodziły się wraz z rozwojem miast i powstawaniem licznych skupisk ludności żyjącej ze sprzedaży swej siły roboczej. W następnych latach zakony te stały się główną podporom systemu feudalnego. Stanowiły wytwór narastających sprzeczności feudalizmu.
