Święty Franciszek urodził się w Asyżu pod koniec 1181 roku lub na początku 1182 roku, jako syn bogatego kupca Piotra Bernardone i jego żony Piki. Na chrzcie otrzymał imię Jan, które po powrocie ojca z podróży handlowej do Francji zostało zastąpione imieniem Francesco – Franciszek.
Mając lat 14 został przydzielony do sklepu ojca, by zaprawiać się w sztuce kupieckiej (ok. 1196r.). Wykonywał tę sztukę z przezornością, z uwagą na zarobki, mimo, że mając bardzo lekką rękę w ich wydawaniu, nie sprawdził się jako dobry ich kustosz. Franciszek był żywym obserwatorem, jeśli nie uczestnikiem, zdobywania wolności obywatelskiej w walce przeciw wasalowi cesarskiemu z miasteczka Spoleto (1198).
Jako dwudziestoletni młodzieniec wziął czynny udział w wojnie komunalnej Asyżu przeciw Perugii (listopad 1202). Wskutek klęski asyżan dostał się do niewoli, gdzie zaczęła się dokonywać jego wewnętrzna przemiana. Uwolniony po roku i doświadczony długą chorobą (1204), zaczął patrzeć inaczej na świat – wydawał mu się on obcy i inny.
Powrócił do Asyżu. Wnet usunął się z towarzystwa przyjaciół, spędzając czas na długich modlitwach w samotnej grocie. Częstym miejscem jego modlitwy jest kościółek San Damiano, gdzie spędza większość swojego czasu. Właśnie w tym kościele głos z krucyfiksu nad ołtarzem zaprosił go do naprawienia Kościoła, który się niszczył. Franciszek usunął się na jakiś czas z życia publicznego do Św. Damiana i w charakterze oblata oddał się pod ochronę Kościoła.
Gdy zrozumiał cel swojego powołania zrzekł się przed biskupem asyskim Gwidonem całego swojego majątku, który odziedziczył po ojcu. Przyobleczony w ubogą tunikę w kształcie krzyża ogłosił się heroldem wielkiego Króla i przez dwa lata prowadził życie pokutnicze i pustelnicze. Oddał się modlitwom i pełnił niskie posługi, także przez krótki czas w klasztorze benedyktyńskim. Franciszek przemierzył w ciągu przeszło piętnastu lat, od 1208 do 1224, większą część Włoch. Pełen żaru misyjnego i pragnienia męczeństwa wśród Saracenów dwukrotnie wyruszył poza Włochy, w kierunku Syrii w 1212r., a wkrótce potem przez Francję i Hiszpanię ku Maroku (1214); jednak za pierwszym razem z powodu burzy znalazł się na brzegach dalmatyńskich, a za drugim wskutek choroby został zmuszony do powrotu z Hiszpanii.
Latem 1224r. usunął się na górę Alwernię, gdzie spędzał czas na długich modlitwach, rozważaniach i postach. Tam blisko uroczystości Podwyższenia Krzyża (14.IX) ukazał mu się sam Chrystus ukrzyżowany w postaci serafina skrzydlatego i ognistego, który wycisnął na jego ciele żywe stygmaty Męki Pańskiej: otwarte i krwawiące rany, z cielesnymi gwoźdźmi o długich i zakrzywionych ostrzach, na rękach i stopach oraz w boku.
Ostatnie dwa lataswojego życia przeżywał w przewlekłych męczarniach, dotknięty ponadto ciężką chorobą oczu, której nabawił się na Wschodzie. Przyjmując pokornie nalegania protektora Zakonu, kard. Hugolina, Święty poddał się bolesnemu, zabiegowi przypalania oczu u lekarzy dworu papieskiego w Rieti (1225), który jednak nie przyniósł porządanego efektu; przezwyciężywszy śmiertelny kryzys w kwietniu następnego roku (1226).
Umarł w Porcjunkuli 3.X.1226r., w wieku około 45 lat. Nazajutrz, w niedzielę rano, w uroczystej procesji duchowieństwo i lud przenieśli jego ciało do kościółka Św. Jerzego w obrębie murów miejskich. Tu przechowywano je przez mniej więcej cztery lata i tu również 16.VII.1228r. Święty został kanonizowany. Następnie 25.V.1230r. ciało przeniesiono na Wzgórze Rajskie, do nowej wspaniałej bazyliki Św. Franciszka, którą wzniesiono z woli Grzegorza IX i dzięki zasługom br. Eliasza dla grobu Świętego.
