Kruk był księciem na dworze potężnego króla i pięknej księżniczki. Posiadał 4 siostry, żył w olbrzymim przepychu, miał szczególne zamiłowanie do polowań i konnej jazdy, lecz pewnego dnia ojciec zabronił mu jeździć na koniu w obawie o zdrowie syna. Jednak chłopiec wymknął się na rumaku Ali- Babie, jaki przybył pod jego okno. W czasie przejażdżki został ugryziony przez króla wilków, którego zabił, lecz jego rana również była śmiertelna. Nikt nie potrafił go uzdrowić. Dopiero tajemniczy doktor z Chin o imieniu Paj-Chi-Wo wyleczył ranę, a ponadto ofiarował magiczną czapkę bogdychanów, aby chroniła księcia przed niebezpieczeństwem. Tymczasem wilki zaczęły napadać na ludzkie osiedla i dotarły aż do pałacu, zaś książę wydostał się stamtąd dzięki czapce, która zamieniła go w ptaka. Zgubił się jednak guzik przywracający prawdziwą postać. Chłopiec musiał więc pozostać szpakiem i trafił do pana Kleksa.
Adaś, przejęty nieszczęściem Mateusza, zaczyna szukać guzików, choć pan Kleks uważa, że owa historyjka jest zmyślona. W swym pamiętniku, którym teoretycznie jest cała książka, chłopiec pisze o osobliwościach pana Kleksa. Przyjmuje on do akademii tylko tych chłopców, o imieniu na literę A, uwielbia pigułki na porost włosów, posiada flaszkę z zielonympłynem na pamięć (który pije codziennie rano, bo inaczej nic nie pamięta), tabakierkę z piegami (które nakleja sobie na nos, a także odznacza nimi uczniów za wybitne osiągnięcia), powiekszającą pompkę (powiększającą ludzi i przedmioty- również samego pana Kleksa stającego się w nocy maleńkim), senny kwas (zbierajacy z lusterek chłopców ich sny), kolorowe szkiełka i płomyki świec, z jakich można przyrządzać potrawy. W piwnicy trzyma baloniki z koszyczkami na oczy. Wystarczy włożyć jedno oko do koszyczka i wysłać je w określone miejsce, aby wiedzieć, co się tam znajduje. Dzięki temu pan Kleks potrafi naprawić tramwaj i wysyla oko na księżyc. Tytułowy bohater trzyma znakomitą większość owych osobliwości w ogromnej ilości kieszeni własnego surduta, a jego przysmakiem są motyle. Nauka i życie w akademii są równie dziwne. Z pryszniców codziennie leci woda z sokiem, chłopcy chodzą w mundurkach, jedzą specjalne sosy w czasie posilków, z jakich każdy ma inne właściwości. Po śniadaniu jest apel, pan Kleks wchodzi do szafy i odbiera od uczniów senne lusterka, zbiera z nich sny, wkłada do porcelanowej miseczki, a najlepsze zamienia w pastylki i daje do połkniecia chłopcom, aby ich sny były z każdym dniem coraz lepsze. Przedmioty, jakich sie tu naucza, to między innymi kleskografia, przędzenie liter, leczenie chorych sprzętów, geografia podobna do gry w piłkę nożną- uczniowie kopią globus i wykrzykują nazwy miast i państw. Globus ten wpada raz do jednej z bajek (bowiem w parku otaczajacym akademię znajdują sie furtki do różnych bajek). Przynoszą go królewna Śnieżka i jej krasnoludki, którzy nastepnie rozpływają sie w gorących promieniach słońca i jakostrumyczek powracają do swojej bajki.
Kolejnym dziwem jest kuchnia pana Kleksa. To tajemnicze pomieszczenie, gdzie chłopcy nie mogą wchodzić. Jednak Adaś zostaje poproszony o pomoc w przygotowaniu obiadu i czuje się z tego niezmiernie dumny. Gotowanie przedstawia się dość niezwykle. Dania przyrządza sie z barwnych szkiełek, proszków, płomyków świec, farb… Pan Kleks wyjaśnia, że wszystkiego, co umie, nauczył go doktor Paj-Chi-Wo. Po obiedzie chłopcy bawią się w rozległym parku w poszukiwaczy skarbów. Adaś i Artur dostają sie przez przypadek do bajki o Królewnie Żabce, a w skrzynkach znajdują gwizdek przenoszący tam, gdzie się tego pragnie oraz klucz otwierajacy wszystkie zamki. Gdy pan Kleks ogląda skarby wszystkich, uznaje, że przedmioty przyniesione przez Adama i Artura są najcenniejsze. Następnie, przed wyruszeniem do miasta, Adaś, na polecienie pana Ambrożego, opowiada o swojej przygodzie…
Jedną z niecodziennych umiejętności pana Kleksa było latanie. Uczniowie także próbowali to robić i w końcu udało się Adamowi Niezgódce. Nie umiał jednak kierować sobą w powietrzu, wywoływał spore zainteresowanie wśród przechodniów, wreszcie trafił do psiego raju, gdzie spotkał psa Reksa należącego kiedyś do niego. Rozumiał mowę psów, poznał znajomych swojego podopiecznego, zwiedził raj: był na ulicy Białego Kła, na placu z czekoladowym pomnikiem Doktora Dolittle, wstąpił do domu Reksa na mleko, dotarł też na ulicę Dręczycieli, gdzie chłopcy męczący swoje psy dostawali się we śnie, po przebudzeniu myśląc, że to tylko sen, ale traktowali już lepiej swe zwierzęta. Adaś zwiedził plac Robaczków Świętojańskich (plac zabaw), ulicę Biszkoptową, psi cyrk, wstąpił do zakładu fryzjerskiego na ulicy Syropowej…Był w wielu miejscach i spędził tu 12 dni tęskniąc za akademią, aż w końcu przybył po niego Mateusz z instrukcjami pana Kleksa i Adaś z ulgą powrócił do szkoły.
Kiedy chłopiec skończył opowieść, pan Ambroży wybrał się z uczniami do fabryki dziur i dziurek pana Bogumiła Kopcia, który w wolnych chwilach pracował jako linoskoczek. Po powrocie do akademii trzeba było stoczyć wojnę z chmarą much, które przejęły budynek w swoje władanie. Pan Kleks napompował powiększającą pompką pająka krzyżaka, ale ten szybko się najadł i zmalał, a muchy rozszarpały go na strzępy, więc pan Ambroży wpadł na nowy pomysł: sporządził muchołapki z wody, gumy arabskiej i mydła, które uwolniły akademię od plagi owadów. Wkrótce po tym wydarzeniu fryzjer Filip pokłócił się z panem Kleksem opuszczając akademię i zapowiadając tajemniczo przybycie kogoś. Jest niedziela. Okazuje się, że ze stawu znikła woda. Zabrał ją pan Kleks (mający zły humor po kłótni z Filipem), aby ugasić płomyki świec, jakie trzymał w kieszeniach- ostatnio zaczęły go palić. Królewna Żabka prowadzi żaby i raki do innej bajki, zaś pan Kleks i uczniowie zajmują się ratowaniem ryb- niosą je do bajki o rybaku i rybaczce. Tymczasem oko wraca z księżyca, a tytułowy bohater ma możliwość zobaczenia dzięki niemu księżycowych ludzi, ale czytelnik i uczniowie muszą poczekać na opowieść o nich. Póki co właściciel akademii odczytuje sen o siedmiu szklankach Adasia Niezgódki: Pan Kleks i chłopcy wybierają się do Chin, ale rozpętuje się burza, zaś Adaś, chcąc ratować pociąg z czajnika i pudelek od zapałek, zbiera chmurę do 6 szklanek, ale okazuje się, że popełnił głupstwo, bo teraz ciągle będzie świecić słońce, aż wszystko wysuszy. Chłopiec uwalnia więc po kolei deszcz, śnieg, wiatr, grad, błyskawicę (co wywołuje szereg niezwykłych wydarzeń), a na końcu grzmot, który zostaje zjedzony przez pana Kleksa, doprowadzając do jego rozpadu na wiele małych panów Kleksów. Adaś wkłada jednego z nich do siódmej szklanki i zamyka w kredensie, chroniąc przed widelcami, w jakie zmieniła się reszta uczniów. Wkrótce Filip przyprowadza Anatola Kukuryka i Alojzego- lalkę, którą pan Ambroży, przy pomocy Adasia, ożywia i która szybko uczy się ruszać, jeść mówić…Nie wynika z tego jednak nic dobrego. Alojzy to chłopiec złośliwy, przeszkadza i niszczy wszystkie przygotowania na wielką uroczystość w akademii, więc Adaś zabiera go na polowanie na szczygły, podczas jakiego lalka zasypia, a Niezgódka wraca. Przybywają goście z najróżniejszych bajek, zaś pan Kleks opowiada o dziwnych księżycowych ludziach zwanych Lunnami i o ich władcy- królu Niesforze, gdy nagle pojawia się Alojzy, przerywa bajkę i wygania gości. Po tym zdarzeniu w akademii nie dzieje się najlepiej. W końcu pan Kleks żegna się z uczniami, mówiąc, że zbliża się koniec ich i jego bajki. Spędzają razem ostatnią wspólną wigilię, podczas której Alojzy, nie pilnowany przez nikogo, wykrada i niszczy sekrety pana Kleksa na oczach wszystkich uczniów. Wówczas pan Kleks niszczy jego, rozbierając na części. Tuż potem przybywa Filip, który, widząc swoje dzieło zepsute, mówi, że pan Ambroży pożałuje tego, co zrobił. Anastazy- jeden z uczniów- otwiera bramę i chłopcy opuszczają teren szkoły. Akademia powoli znika, aż nic z niej nie zostaje, pan Kleks żegna się z Adasiem, po czym przemienia się w…guzik. Ten od czapki Mateusza. Szpak znów staje się człowiekiem i wyjaśnia zdziwionemu Adasiowi, że zmyślił historię o tym, że był księciem. Tak naprawdę jest autorem książki ?Akademia pana Kleksa\”.
