Nowy grobowiec kapucynów służył do roku 1670 przede wszystkim jako miejsce pochówku zmarłych zakonników. Jednakże w miarę upływu czasu wierni wywierali coraz większy nacisk na klasztor. Odtąd każdy chciał być pochowany tu, w pobliżu świętych braci zakonnych. Mnisi nie mogli długo opierać się tym kategorycznym żądaniom, ponieważ wśród ubiegających się było także wiele osób dotujących klasztor. Aczkolwiek niechętnie, kapucyni musieli otworzyć katakumby dla pogrzebów świeckich, które w tej formie stawały się coraz częstsze. Następstwem tego było systematyczne powiększanie katakumb. Aby zapanować nad wzrastającą ilością grzebanych tu zmarłych, trzeba było opracować system umożliwiający kontrolę procesu mumifikacji zwłok. Proces ten przebiegał następująco: po kilka zwłok zmarłych stawiano do małych, suchych i dobrze wentylowanych pomieszczeń. Tam w ciągu 8 do 10 miesięcy ulegały one całkowitemu wysuszeniu. Czasem wspomagano ten proces sztucznie, np. przez posypywanie zwłok kredą. Następnie myto je octem i ubierano w stroje urzędowe, mundury lub inne uroczyste szaty. Dopiero potem ustawiano je na właściwym miejscu w którymś z korytarzy, gdzie mogli odwiedzać je krewni i znajomi, i od czasu do czasu przebierać w nowe szaty. Moda na szczególnie godny pochówek u kapucynów utrzymywała się w kręgach sycylijskiej socjety niezmiennie przez ponad dwa wieki. Dopiero w latach 1880-1881 władze zakazały całkowicie mumifikowania zwłok i wystawiania ich na widok publiczny.
