Dopiero ostatnie miesiącach życia Aleksander Macedoński poświęcił na organizację swojego imperium.
Mimo iż nadal jego władza miała charakter rządów osobistych, został jednak znacznie poszerzony krąg osób dopuszczonych do udziału w administrowaniu imperium. Znaleźli się w nim zarówno arystokraci, hetairowie, jak i tak zwana grupa strażników osobistych, somatofylakes. Spośród nich wyłaniano zarządców prowincji, chiliarchów, którzy skupiali w swym ręku pełnię władzy cywilnej i wojskowej. Zasługą Aleksandra była niewątpliwie próba ujednolicenia monety oraz miar i wag, co miało zapobiec nagminnie popełnianym na wschodzie nadużyciom. Ogół spraw cywilnych został podporządkowany kancelarii, na której czele stanął Grek cieszący się zaufaniem Aleksandra, Eumenes. Aleksander III Wielki był jednak przede wszystkim nowatorem, jeśli chodzi o politykę ludnościową. Otóż zdając sobie sprawę z tego, że Macedonia posiada ludność nieliczną, nie wystarczająco wykształconą kulturowo, postanowił, że nowym państwem rządzić będzie nowa elita, w skład której wejdą dawni i obecni zdobywcy, czyli Persowie i Macedończycy. Aleksander chciał zmieszać obie nacje tak dalece by stworzyć nowy naród. Dlatego gorąco popierał małżeństwa swych dostojników z perskimi arystokratkami, sam dając temu przykład – poślubił Baktryjkę, Roksanę. Jednak nie wszystkim podobały się jego nowatorskie koncepcje. Starzy wodzowie czuli się odsunięci przez władcę od wpływu na sprawy państwa. Aleksander nie liczył się już wówczas z ich zdaniem. Ponadto w 324 r. wydał on dwa słynne potem zarządzenia: w pierwszym z nich domagał się zaliczenia go w poczet bogów ( co umożliwiało mu rządzenie bez skrępowania istniejącymi prawami ), w drugim nakazywał miastom greckim przyjęcie wygnańców politycznych ( godziło to w podstawy ustrojowe państw greckich oparte na samorządności i autonomii wewnętrznej).
