Wymazanie Polski z mapy Europy nie załamało polskich patriotów. Ci, którzy pozostali w kraju, poczęli myśleć o podjęciu na nowo walki z zaborcami. Organizowane przez nich spiski były jednak szybko wykrywane wskutek ścisłej współpracy zaborczych rządów. W styczniu 1797 r. w Petersburgu został podpisany jeszcze jeden antypolski traktat trzech czarnych orłów. Głównym jego celem było wspólne zwalczanie wszystkich poczynań niepodległościowych Polaków. Granice rozbiorowe były całkowicie zamknięte dla polskich mieszkańców poszczególnych dzielnic. Zobowiązano się również nie używać w żadnej formie słowa „Polska”. W korzystniejszych warunkach dla podejmowania myśli niepodległościowych byli polscy emigranci, których znaczna liczba znalazła schronienie na terenie Francji oraz przyjaznej Polsce Turcji (ta ostatnia nie uznała rozbiorów, podobnie jak Watykan).
Gen. Jan Henryk Dąbrowski (1755-1818) należał do najwybitniejszych dowódców polskich. Po długoletniej służbie w wojsku saskim wstąpił w czasie Sejmu Wielkiego do armii polskiej, zasłużył się jako jeden z jej organizatorów, a w czasie powstania kościuszkowego wyróżnił się w walkach w obronie Warszawy i słynną wyprawą do Wielkopolski. Po upadku powstania liczył początkowo na konflikt Prus z pozostałymi zaborcami, gdy jednak okazało się to niemożliwe, związał swą nadzieję z Francją. Dąbrowski był przede wszystkim żołnierzem i sprawa odtworzenia armii była dlań najważniejsza. Dlatego przystał na propozycję Dyrektoriatu, by rokowania o utworzenie legionów polskich, głównie z jeńców wojennych, rekrutów galicyjskich, poprowadzić w Mediolanie z wodzem zwycięskiej armii francuskiej, gen. Napoleonem Bonaparte. Ze zdobytych na Austriakach terenów północnych Włoch Bonaparte utworzył niezależną od Francji Republikę Lombardzką. Przy tym państwie miały więc powstać legiony polskie. Dąbrowski nie oglądał się ani na niejasność sytuacji, ani też na grę polityczną Dyrektoriatu i Napoleona. 9 stycznia 1797 r. podpisał konwencję o utworzenie Legionów z Generalną Administracją Lombardii. Legiony przyjęły polską administrację wojskową. Zgodnie z założeniem, żołnierzy zaciągano w przeważającym stopniu z polskich jeńców wojennych i stąd było wśród nich wielu chłopów galicyjskich. Napływało także niemało ochotników z emigracji i kraju. Do lata 1797 r. pod sztandarami Legii było ponad 6 tys. wojska. Dąbrowski organizował dokształcanie oficerów, szeregowych nakazywał uczyć czytać i pisać. Morale polskich jednostek były wysokie, mimo iż żołnierz bywał źle płatny, a nieraz obdarty i bosy. Dla żołnierzy i oficerów służba w legionach była prawdziwą szkołą zarówno patriotyzmu jak i pojęć demokratycznych. Kościuszko zawsze czczony przez legionistów tak pisał do nich z Paryża: „Pomnijcie, obywatele, że jesteście związkiem siły zbrojnej narodu polskiego, że waszym jest przeznaczeniem zanieść dar wolności ojczyźnie i udział światła współziomkom”.
Widok maszerujących oddziałów skłonił Józefa Wibickiego do ułożenia pieśni „Jeszcze Polska nie umarła, póki my żyjemy”, która jako wyznanie wiary w odzyskanie niepodległości miała stać się hymnem narodowym. Najbliższa przyszłość przyniosła gorzkie rozczarowanie. Rozejm w Leoben, w kwietniu 1797 r., powstrzymał marsz na Wiedeń czy do Galicji, jak to projektował Dąbrowski. Legiony zostały użyte do tłumienia wystąpień zbrojnych ludu włoskiego walczącego o niezależność. Zostały tym razem zorganizowane na mocy układu z Republiką Cisalpińską (przekształcona Lombardzka). W 1798 r. Francuzi posłużyli się Legionami, aby rozbić państwo papieskie i wypędzić Burbonów z Neapolu. Dowodzone przez gen. Kniaziewicza oddziały polskie odniosły w tej kampanii wiele sukcesów, opanowując m.in. niespodziewanym wypadem twierdzę Gaetę. Po tych sukcesach nastąpiły ciężkie walki z wojskami austriackimi i rosyjskimi dowodzonymi przez Suworowa, które zaatakowały północne Włochy. Wojska francuskie, wraz z dzielnie walczącymi legionami, doznały krwawych klęsk szczególnie pod Magano i Trebbią. Podczas kapitulacji Mantui 1799 r. dowódca francuski zgodził się na wydanie w ręce austriackie Polaków pochodzenia galicyjskiego. W ostatniej fazie walk w Genui zebrały się już tylko szczątki wojsk polskich, ok. tysiąca ludzi. Dopiero zagrożona najazdem Francja zdecydowała się przejąć Legiony na własny żołd i zleciła Dąbrowskiemu odbudowę legionów włoskich, a Kniaziewiczowi utworzenie nowego Legionu Naddunajskiego. Wkrótce u boku Francuzów walczyło ok. 9 tyś. Polaków. Legia Naddunajska walczyła na terenach Niemiec, w 1800 r. w bitwie pod Hohenlinden otworzyła drogę do Austrii. Legiony Dąbrowskiego uczestniczyły w odzyskaniu północnych Włoch. Zawierając pokój w 1801 r. Napoleon nie krępował się wcale interesami polskimi, zostawiając Austrii wolną rękę w środkowej Europie i obiecując jej, jak również Rosji, niepopieranie wrogów wewnętrznych. Legiony miały przejść ponownie na służbę Republiki Cisapińskiej. Wywołało to rozłam wśród legionistów. Wielu poddało się wzorem Kniaziewicza do dymisji, inni myśleli o rozpaczliwych próbach przebicia się do Galicji. Niektórzy weszli w kontakt z tajnymi siłami włoskimi, w imię założeń rewolucyjnych przeciwko Napoleonowi. W tej sytuacji Bonaparte postanowił pozbyć się niewygodnego sojusznika. Część legionów wysłał w 1802 r. na San Domingo (Haiti), gdzie Francuzi nie mogli się uporać z walczącymi o wolność Murzynami. Żołnierz polski niechętnie walczył z tubylcami, uznając słuszność ich sprawy. Gdy w 1803 r. doszło do kapitulacji zwycięscy Murzyni traktowali Polaków lepiej niż Francuzów. Część z nich została i z tamtejszą ludnością założyła rodziny. Ostatecznie z 6 tyś. wysłanych, powróciło ok. 300. We Włoszech pozostało aż do utworzenia Księstwa Warszawskiego ok. 4 tyś. Legionistów na służbie Republiki Włoskiej. Walczyli oni w latach 1805-1806 z Austriakami pod Wenecją oraz z Anglikami w Kalabrii. Dopiero po zwycięstwach Napoleona nad Prusami 1807 r. część tych wojsk wróciła do kraju.
Czyn legionowy nie przyniósł więc wyzwolenia Polski. Nie pozostał jednak jałowy powstanie legionów pod patronatem Rewolucji Francuskiej ściślej związało sprawę polską z ogólnoeuropejskimi tendencjami wolnościowymi. Legiony świadczyły wobec całego świata, że Polacy nie zamierzają pogodzić się z gwałtem rozbiorów. Niemałe też było znaczenie legionistów jako szkoły dla późniejszej, zmodernizowanej armii polskiej doświadczenia w nich zdobyło ok. tysiąca oficerów. Losy legionów wykazały, jak zwodnicze były rachuby na obcą pomoc i jak łatwo przychodziło obcym rządom wykorzystywać zapał patriotyzmu dla własnych potrzeb. Toteż część zawiedzionych gotowa była zrezygnować z kontynuowania walki.
