Najcenniejszym zabytkiem Kościoła Mariackiego jest trzyczęściowy ołtarz główny, tzw. tryptyk. Wykonany został on przez niemieckiego rzeźbiarza o nazwisku Veit Stoss, spolszczone Wit Stwosz pochodzącego z Norymbergii, który osiedlił się w Krakowie, zaś Polska stała się dla niego drugą ojczyzną. Ołtarz uchodzi za jeden z największych i najpiękniejszych w całej Europie. Jego autor, także malarz i miedziorytnik, był jednym z najwybitniejszych artystów późnego gotyku. Żył w latach 1447 – 1533.
Szczytowym dziełem Wita Stwosza jest główny ołtarz Bazyliki Mariackiej. Pełna jego nazwa brzmi Ołtarz Zaśnięcia Marii a został wykonany w latach 1477 – 1489. Jak już wspomniano, składa się z trzech części. Rzeźby ołtarza, wykonane w drewnie lipowym, są bogato złocone, a swoją wielkością dochodzącą do 2,7 metra znacznie przewyższają człowieka. Na skrzydłach przedstawiono sceny z Pisma Świętego. Tryptyk składa się z centralnie usytuowanej obszernej „szafy” opartej na predelli, dwóch par skrzydeł bocznych oraz ażurowego zwieńczenia. Konstrukcja wykonana jest w twardym drewnie dębowym. W przeciwieństwie do innych ołtarzy epoki gotyku Stwosz dostroił rozmiary ołtarza – 11 x 13 metrów – do całości kościoła. Za podstawę ołtarza przyjął szerokość całego prezbiterium, by zaś ołtarz po zamknięciu ruchomych skrzydeł szafy nie wydał się zbyt maty w proporcji do wnętrza świątyni, dodał drugie skrzydła, stale rozwarte, nieruchome. W podstawie ołtarza, predelli, znajduje się tzw. Drzewo Jessego, przedstawiające rodowód Marii, a ponad nim dekoracyjny fryz ze zwierzętami. W głębokiej wnęce szafy ma miejsce główna scena. Grupa apostołów otacza klęczącą i słabnącą Marię. Warto nadmienić, że Maria jest przedstawiona jako młoda dziewczyna, aby podkreślić fakt, że jej śmierć nastąpiła bez cierpień. Ponad sceną centralną znajduje się scena wniebowzięcia, będąca jakby wizją spotkania Marii z Chrystusem.
Całość kompozycji otoczona jest łukiem, na którym autor umieścił figury mieszczan, kupców, rzemieślników, żaków, rycerzy.
Na szczególną uwagę zasługuje niezwykły realizm w wykonaniu detali całej kompozycji. Rozwiane udrapowania szat sprawiają wrażenie ruchu i niepokoju. Budowa ciał, odtworzenie zmarszczek twarzy, ukształtowanie rąk, zaznaczenie mięśni i żył odznaczają się niespotykaną w tym czasie znajomością anatomii ludzkiej oraz wnikliwością i spostrzegawczością badacza. Modelami postaci byli zapewne ludzie żyjący w otoczeniu Wita Stwosza. Z taką samą precyzją artysta przedstawia również mało widoczne, drobne postacie, figurki ludzi, zwierząt oraz ptaków wypełniających setkami predellę i łuk tęczy. Ta drobiazgowość i sumienne dopracowanie najdrobniejszych szczegółów charakteryzuje cale ogromne dzieło.
Na zakończenie warto dodać, że w początkowym okresie drugiej wojny światowej, w obawie przed zbombardowaniem Krakowa, ołtarz trafił w bezpieczne miejsce, a odkryty przez okupanta hitlerowskiego, został wywieziony w głąb Rzeszy Niemieckiej. Po zakończeniu działań wojennych, ołtarz został odnaleziony przez Karola Estreichera z polskiej misji rewindykacyjnej dzieł sztuki pod gruzami zbombardowanego zamku norymberskiego, po czym 30 kwietnia 1946 roku tryumfalnie powrócił nietknięty do Krakowa.
