Na początku XVII wieku rozpoczęła się historia trwających kilkadziesiąt lat wojen polsko-szwedzkich. U podłoża tego konfliktu stanęły początkowo spory dynastyczne. Pacta Conventa zobowiązywały króla Zygmunta III do przyłączenia północnej Estonii (części Inflant) do Polski, czego nie uczynił po elekcji. Stało się dopiero wówczas, gdy Szwedzi pozbawili Zygmunta i jego potomstwo prawa dziedziczenia tronu. Wcielenie tej części Inflant do Polski spowodowało konflikt zbrojny, który trwał do 1611 roku. W ten sposób walka o odzyskanie tronu szwedzkiego stała się jednocześnie wojną o Inflanty, a Polska została wciągnięta w dynastyczne spory Wazów.
W protestanckiej Szwecji zasiadł na tronie Karol IX Sudermański, wuj Zygmunta. Nie zrezygnował on z planów opanowania Estonii i rozpoczął obleganie zamków inflanckich. Terytorium Inflant przemieniło się w tej wojnie w miejsce zbrojnej konfrontacji polsko-szwedzkiej.
W 1605 roku Szwedzi ruszyli na Rygę, co groziło, w razie jej zdobycia, opanowaniem całych Inflant. Wówczas hetman Jan Karol Chodkiewicz szybkim marszem posunął swe oddziały w pobliże Rygi pod miejscowość Kircholm, gdzie doszło do bitwy. Strona polska w sile około 4 tysięcy jazdy i piechoty stanęła naprzeciw 11 tysięcznej armii szwedzkiej. Taktyka oskrzydlenia nieprzyjaciela i wykorzystanie husarii przyczyniło się do zwycięstwa Polaków.
Mimo zwycięstwa sił polskich pod Kircholmem wojna w Inflantach toczyła się nadal aż do śmierci króla szwedzkiego Karola IX w 1611 roku. Po kilkuletniej przerwie działania wojenne wznowiono w 1617 roku. W rękach szwedzkich znalazła się Ryga oraz inne miasta inflanckie. Zajęcie Rygi – głównego miejsca kontaktów handlowych Litwy i Białorusi z Europą – było stratą dla Rzeczypospolitej. Zawarty na kilka lat rozejm w Mitawie w 1622 roku był dla Polski niekorzystny. Bezpowrotnie traciła ona Rygę i część Inflant po rzekę Dźwinę. Przy Rzeczypospolitej pozostawał jedynie niewielki obszar, zwany polskimi Inflantami, z Dyneburgiem oraz Kurlandia. W ten sposób Szwecja króla Gustawa Adolfa z sukcesem wracała do szesnastowiecznych dążeń, by uczynić z Bałtyku wewnętrzne morze szwedzkie. W połowie 1625 roku Szwedzi zajęli całe Inflanty, a następnie przenieśli wojnę na obszar Prus Królewskich. Uderzenie wojsk Gustawa Adolfa na Pomorze Gdańskie w 1626 roku było bezpośrednią realizacją zamierzonych planów. Szwedzi zajęli port pruski w Piławie oraz obszary nadmorskie wraz z miastami Elblągiem, Malborkiem i Tczewem. Rozpoczęła się walka o ujście Wisły i blokada przez Szwedów portu gdańskiego. Chociaż bezpośrednio zagrożone zostały polskie interesy nad Bałtykiem, sejm nie potrafił szybko uchwalić podatków, by skuteczniej przeciwstawić się wrogowi.
W ciągu wielu lat trwającej wojny Szwedzi nie zdołali, mimo oblężenia, zdobyć Gdańska. Była to zasługa hetmana Stanisława Koniecpolskiego. Po raz pierwszy też znaczące zwycięstwo w bitwie morskiej ze Szwedami odniosła flota polska 28 listopada pod Oliwą, gdzie Polacy zdobyli w walce wręcz szwedzki okręt admiralski, a drugi wysadzili w powietrze.
Mimo pomocy wojsk austriackich nie udało się usunąć Szwedów z Prus Królewskich. Nie byli oni w stanie zdobyć Gdańska, ale pustoszyli zajęte przez siebie ziemie. Sytuacji militarnej nie zmieniło nawet znaczące zwycięstwo hetmana Koniecpolskiego pod Trzcianą w czerwcu 1629 roku. Ten utalentowany dowódca polski rzucił w ostatnim natarciu do walki husarię, a jego oddziały omalże dwukrotnie pojmały do niewoli króla Gustawa Adolfa.
Pod naciskiem dyplomacji francuskiej i holenderskiej walczące strony podpisały w 1629 roku sześcioletni rozejm w Starym Targu. Był on korzystny dla Szwecji, która zatrzymała miasta pruskie (z wyjątkiem Gdańska, Pucka i Królewca), a także Inflanty na północ od Dźwiny. Szwecja uzyskała również znaczne dochody z ceł w Gdańsku.
O tak miernych rezultatach rokowań zdecydował cały splot okoliczności. Nie sprzyjała Polsce sytuacja międzynarodowa. Szwecja miała poparcie państw protestanckich Anglii, Holandii, a nawet katolickiej Francji. W Rzeszy, gdzie trwała wojna trzydziestoletnia, protestanci walczyli z katolikami, czekając na pomoc militarną Szwecji przeciw Habsburgom. Polska wprawdzie odniosła znaczące sukcesy nad najlepszą armią w Europie, ale wyszła z wojny osłabiona tracąc znaczące ziemie nad Bałtykiem.
Kolejny Waza na tronie polskim Władysław IV (1632 – 1648) nie rezygnował z pretensji do korony szwedzkiej. Wydawało się to bardziej realne, gdy po śmierci Gustawa Adolfa władzę objęła w Szwecji jego córka – Krystyna. Opór szlachty polskiej przeciw planom królewskim oraz niechęć magnatów do wojny doprowadziły do zawarcia w 1635 roku 26-letniego rozejmu w Sztumskiej Wsi. Szwedzi zrezygnowali z miast i portów pruskich, zaprzestali pobierania ceł z handlu polskiego w Gdańsku, ale utrzymali zdobycze w Inflantach. Rzeczpospolita utrzymała i obroniła ujście Wisły.
Kilka lat wcześniej nim ogarnął Polskę „potop szwedzki” dogasała w Europie wojna trzydziestoletnia. Pokój westfalski, który ją kończył w 1648 roku przyniósł północnemu sąsiadowi Rzeczypospolitej nowe nabytki terytorialne na południowo-zachodnich wybrzeżach Morza Bałtyckiego. Wskutek tego wzmocnieniu uległa pozycja Szwecji, odżyły też plany przekształcenia Bałtyku w jej wewnętrzne morze. Dokończeniem budowy władztwa szwedzkiego zainteresowany był Karol X Gustaw – od 1654 roku król szwedzki. Planował on uderzenie na Polskę, która wydawała się łatwą zdobyczą. O poparciu dla króla szwedzkiego, zwłaszcza polskiej magnaterii, przekonywał skłócony z władcą polskim Janem Kazimierzem, Hieronim Radziejowski przebywający na dworze szwedzkim.
Rzeczpospolita już od 1648 roku znajdowała się w trudnym położeniu. Tliła się wojna domowa na Ukrainie, w czasie której w 1654 roku nastąpił atak wojsk rosyjskich. W momencie nasilenia wojny z Rosją do Polski wkroczyły armie szwedzkie, naruszając rozejm z 1635 roku.
Armie szwedzkie zaatakowały Rzeczpospolitą w lipcu 1655 roku wkraczając na jej terytorium dwoma kolumnami wojsk. Pierwsza, pod dowództwem marszałka Wittenberga, skierowała się na Wielkopolskę, gdzie pod Ujściem szlachta i magnaci bez walki – 25 lipca 1655 roku przyjęli szwedzką protekcję. Druga kolumna zajęła Litwę. Tu w Kiejdanach 8 sierpnia hetman Janusz Radziwiłł zerwał unię z Polską i poddał Litwę władzy Karola Gustawa. Królowi szwedzkiemu podporządkowała się szlachta kolejnych ziem, a nawet wojska koronne hetmana Koniecpolskiego. Bez walki w ręce Szwedów dostała się jeszcze we wrześniu Warszawa, a w październiku padł broniony przez Stefana Czarnieckiego Kraków. Fala „potopu szwedzkiego” sięgnęła nawet Nowego Sącza. Nie było wśród szlachty polskiej woli walki i to zdecydowało o początkowych sukcesach Szwedów, posiadających ponadto doskonale wyszkoloną armię.
Król Jan Kazimierz uszedł z Warszawy i przez Kraków, a następnie Czorsztyn dotarł na Śląsk, skąd wydał w listopadzie 1655 roku uniwersał. Wzywał w nim ludzi wszystkiej kondycji i stanu do walki narodowej. Szybko zresztą okazało się, że Szwedzi traktują Rzeczpospolitą jak kraj znajdujący się pod okupacją. Bezwzględna grabież i pustoszenie dóbr szlacheckich, nakładanie kontrybucji na miasta, rodziły opór. Na Litwie nie złożył broni Paweł Sapieha.
W okresie od 19 listopada do 25 grudnia skutecznie broniła klasztor na Jasnej Górze niewielka, chłopsko-mieszczańska załoga. Obroną klasztoru kierował przeor paulinów ksiądz Augustyn Kordecki. Wieść o nadchodzeniu większych oddziałów polskich z odsieczą oraz powstaniu ludowym na Podgórzu przyczyniły się do odstąpienia Szwedów od oblężenia Częstochowy. Obrona klasztoru wpłynęła mobilizująco na cały naród. Przeciw szwedzkiemu najeźdźcy, który nie szanował ani praw szlacheckich, ani uczuć religijnych wybuchło już w grudniu 1655 roku ogólnonarodowe powstanie.
Zawiązana została w Tyszowcach konfederacja hetmanów – Mikołaja Potockiego i Stanisława Lanckorońskiego z Litwinami wojewody Pawła Sapiehy. Ogólnonarodowe powstanie objęło Małopolskę, Wielkopolskę i Podlasie. Oddziały partyzanckie złożone ze szlachty i chłopów nękały Szwedów.
Z początkiem 1656 roku do kraju powrócił król Jan Kazimierz, który w katedrze lwowskiej złożył śluby stanowiące zapowiedź ulżenia doli chłopów biorących udział w walkach z najeźdźcą. W tymże roku dowództwo kampanii przeciw Szwedom objął mistrz wojny podjazdowej Stefan Czarniecki. Wraz z Sapiehą osaczyli oni w widłach Wisły i Sanu Karola Gustawa, skąd udało mu się wydostać. Jednocześnie ruch partyzancki, który wspomagał regularne oddziały koronne przyczynił się do wyzwolenia Małopolski, jednak bez Krakowa, oraz Wielkopolski. Pod koniec czerwca oddziały koronne odzyskały Warszawę.
Dla ojczyzny ratowania Stefan Czarniecki pobił Rakoczego, wyswobodził Kraków i ruszył na Pomorze Zachodnie. W 1658 roku jego oddziały pospieszyły na pomoc sprzymierzonej z Polską Danii. Wielki wódz buławę hetmańską otrzymał dopiero na łożu śmierci. Dzięki jego oddaniu Rzeczpospolita ocaliła swą suwerenność i miejsce nad Bałtykiem.
W 1656 roku król szwedzki zaczął szukać sojuszników, by rozstrzygnąć na swoją korzyść losy wojny. Elektor brandenburski Fryderyk Wilhelm I, który początkowo obserwował bieg wydarzeń, przeszedł na stronę szwedzką. Udzielił też pomocy Karolowi Gustawowi w drugiej trzydniowej bitwie o Warszawę, w dniach 28-30 lipca, która okazała się zwycięska dla Szwedów. Nowa okupacja Warszawy trwała tylko kilka tygodni i nie wpłynęła na sytuację wojenną kraju. Zarazem drogą dyplomatyczną doszło do podpisania układu w Radnot na Węgrzech między Szwecją, Brandenburgią, Siedmiogrodem i litewskimi Radziwiłłami. Był to układ przewidujący rozbiór Rzeczypospolitej. Brandenburgia miała otrzymać Wielkopolskę, Radziwiłłowie usamodzielnić się na Litwie.
Na początku 1657 roku siedmiogrodzkie wojska Jerzego Rakoczego wkroczyły od południa do Polski grabiąc i niszcząc. Z północy jednocześnie wznowili atak Szwedzi. Wojska koronne nie zostały rozbite i zmusiły Rakoczego do kapitulacji na Podolu w lipcu 1657 roku.
Ustąpili również Szwedzi z Krakowa. Wojna przybierała niekorzystny obrót dla najeźdźców.
Wykorzystując znaczne osłabienie Polski Fryderyk Wilhelm zawarł z Polską w 1657 roku traktaty w Welawie i Bydgoszczy. Traktaty welawsko-bydgoskie znosiły zależność lenną Prus Książęcych od króla polskiego. Elektor otrzymał wówczas w lenno Lębork i Bytów. Utrata lenna pruskiego przez Rzeczpospolitą była najważniejszym skutkiem wojny polsko-szwedzkiej. Od tego właśnie momentu umocniła się międzynarodowa pozycja Brandenburgii.
Zakończeniem wojny, zwanej także drugą wojną północną, zainteresowana była Francja. Nie chciała ona nadmiernego osłabienia szwedzkiego sojusznika. Toteż przy pomocy francuskich dyplomatów został zawarty pokój w 1660 roku w Oliwie pod Gdańskiem. Polska i Szwecja wróciły do stanu sprzed wojny. Rzeczpospolita utrzymała Kurlandię i część Inflant z Dyneburgiem. Jan Kazimierz zrzekł się praw do tronu szwedzkiego. Szwecja zaś zobowiązywała się przestrzegać wolności handlu na Bałtyku oraz zwrócić zrabowane Polsce dobra kulturalne – zbiory biblioteczne i archiwa. Ponadto elektor brandenburski Fryderyk Wilhelm zadbał o potwierdzenie traktatów welawsko-bydgoskich w Oliwie.
