Pozycja Kościoła w państwie opierała się na potędze materialnej i duchowo -moralnej. Całe szkolnictwo (szkoły przyklasztorne -Akademia Krakowska ) były do czasów reformacji w rękach duchownych katolickich. (kreowali elitę umysłową kraju)
W XV w. nastąpiło upowszechnienie szkolnictwa , co pozwoliło młodzieży mieszczańskiej i chłopskiej na kontynuowanie nauki. Włochy , Niemcy,Francja oferowały studia w duchu humanistycznym . Ukształtowanie się świeckiej elity pozwoliło na krytycyzm poziomu moralnego i umysłowego kleru. Sprzeciwiano się wysyłaniu pieniędzy do Rzymu, apelowano o niezależną politykę państwa i króla wobec papiestwa, domagano się kazań w języku narodowym. Zarówno szlachta jak i pozostałe stany społeczne odczuły konieczność opłat na rzecz Kościoła, jego ingerencji w sprawy polityki , gospodarki ( niezadowolenie budziły klątwy, duma, bogactwo hierarchii kościoła, uchylanie się od świadczeń na rzecz państwa ) . Kler powszechnie lekceważył swe obowiązki , zabiegał zbyt gorliwie o pomnażanie dóbr materialnych. Nawet pod względem prawnym sytuacja kleru była wyjątkowo uprzywilejowana. Nie podlegał on służbie wojskowej, obciążały go niewielkie należności na rzecz skarbu państwa ,natomiast nadal utrzymywał się wielce uciążliwy zarówno dla szlachty i chłopów obowiązek składania lub płacenia dziesięcin dla kościoła. W ręku kościoła skupione były olbrzymie dobra -sam biskup krakowski posiadał ponad 300 wsi i miasteczek.
Wybujałe przywileje były jedną z podstawowych niechęci , jaką budził kler w społeczeństwie. Wśród mieszczaństwa niezadowolenie budziła ideologia kościelna. Jej przepisy hamowały swobodę obrotów pieniężnych potępiając tzw. lichwę i pożyczanie pieniędzy na procent. Ludzie zaczęli szukać zreformowanej doktryny wiary.
Do Polski zaczęły napływać drukowane w Niemczech pisma Lutra. Wielu duchownych porzuciło celibat , inni głosili kazania w duchu luterańskim – zaprzeczali potrzebie istnienia hierarchii kościelnej (godności papieskiej ). Krytykowali nadmierne bogactwo kleru , idee życia zakonnego , sprzedawanie odpustów , sakramenty, liturgie niezrozumiałe dla ludzi prostych. Najszybciej doktrynę luterańską przyjęły środowiska niemieckie ( Prusy Królewskie , Gdańsk ,Toruń ). Królowie polscy szczególnie Zygmunt Stary wydawali szereg edyktów przeciw reformacji – zakaz wydawania książek.
Równocześnie rozwijał się kalwinizm – Genewa 1541 r. – Jan Kalwin. Szeroko rozwinięty wśród szlachty małopolskiej. Organizowały się gminy kalwińskie niezależne od władzy państwowej i kościelnej (szlachta ,magnaci ). Ruch ten upowszechnił się również na Litwie. Powszechnie zamieniano tam kościoły na zbory , odmawiano płacenia dziesięcin , lekceważono sądy duchowne. Kalwini starali się doprowadzić do uniezależnienia się kościoła w Polsce od Rzymu i utworzenia kościoła narodowego. Tego nie udało im się osiągnąć , ale uzyskali zawieszenie jurysdykcji biskupiej w sprawach wiary i zniesienie egzekucji starościńskiej dla wyroków sądów kościelnych. Słabą stroną kalwinizmu był brak szerszego oddźwięku wśród mas chłopskich. W latach 1562 – 1565 wspólnota kalwińska rozpadła się na : zbór mniejszy – ariański i zbór większy – kalwiński. Przyczyną były spory doktrynalne , konflikty społeczne wśród wyznawców.
Arianie (Bracia Polscy ) – wygnani z Włoch – odrzucali oni dogmat Trójcy Św. zaprzeczali boskości Chrystusa , zakazywali używania broni , piastowania urzędów , posiadania poddanych. Największe ich ośrodki: Raków , Pinczów.
Kontrreformacja
W I poł. XVIw. Polsce szerzyły się wpływy wyznań zreformowanych. Dopiero w II poł. XVIw. Kościół katolicki przeszedł do kontrofensywy w oparciu o postanowienia Soboru Trydeńskiego. W Polsce kościół został pozbawiony licznych rzesz wyznawców, ale zachował majątki i wpływy w instytucjach rządzenia państwem – Senat. W roku 1564 Kardynał Stanisław Hozjusz sprowadził jezuitów. Jezuici oddziaływali na społeczeństwo poprzez sieć kolegiów. Były to szkoły średnie o nowoczesnym humanistycznym programie nauczania, bezpłatne i dostępne dla wszystkich stanów. Zajęcia odbywały się w języku łacińskim. Kolegium wileńskie za panowania Stefana Batorego zostało podniesione do rangi uniwersytetu, najwybitniejsi przedstawiciele to Piotr Skarga czy Jakub Wujek.
W latach 80-siątych i 90-siątych XVIw. biskupi zaczęli zwoływać synody w swoich diecezjach, przeprowadzać wizytacje, zakładać seminaria duchowne. Proboszczowie wprowadzili księgi rejestrujące chrzty, śluby, pogrzeby w ich parafiach. Ponadto wprowadzono obowiązek noszenia stroju duchownego przez kler oraz przebywania biskupów w diecezjach, proboszczów w parafiach.
Bardzo ważnym dziełem na polu wyznaniowym była Unia Brzeska, w wyniku której powstał kościół grecko-katolocki. (1595) Warunków unii nie przyjęła zdecydowana większość wyznawców prawosławia, dwóch biskupów prawosławnych, klasztory i bradztwa cerkiewne. Korzyści z unii mogła wyciągnąć tylko grupa dostojników cerkiewnych i ta część szlachty prawosławnej, która aspirowała do sprawowania władzy w Rz.P. Wprowadzenie unii doprowadziło do konfliktu wyznaniowego między prawosławnymi a greko-katolikami.
Mimo całej ostrości sporów religijnych Polska pozostała krajem tolerancji religijnej. Zygmunt August był tolerancyjny, nie chciał się mieszać do spraw kościoła lub też sądził, że państwo nie powinno mieszać się do spraw religijnych (nie wpływać, która wiara jest dobra a która zła). Apogeum polskiej reformacji to Akt Konfederacj Warszawskiej, przedłożony na Sejmie konwokacyjnym przez szlachtę w 1573 roku i gwarantował on zachowanie pokoju religijnego.
Także wcześniej w roku 1570 w Sandomierzu Bracia Czescy , Kalwini i Luteranie połączyli się i utworzyli tzw. wyznanie polskie. Przedstawicielem władcy kontrreformacyjnego jest Zygmunt III Waza. Wreszcie syn Zygmunta III Wazy- Władysław IV uznał prawomocność kościoła prawosławnego na kresach Rz.P.(bracia czescy- wygnani z Czech osiedlili się w grodach Wielkopolskich, żyli we wspólnotach utrzymujących się z pracy fizycznej, odrzucali przelew krwi, wojny)
