W 1500 r. wszyscy chrześcijanie w Europie Zachodniej należeli do kościoła katolickiego, którego głową był papież. Pięćdziesiąt lat później chrześcijaństwo europejskie podzieliło się na wroga wobec siebie Kościoły. Ruch, który spowodował przemiany wewnątrz Kościoła, nazywany był reformacją.
Sytuacja w kościele katolickim na długo przed reformacją budziła niechęć i burzenie wielu ludzi. Papieże skoncentrowali swe wysiłki na wzmocnieniu swej pozycji politycznej, stając się bardziej władzą świecką niż duchownymi zwierzchnikami Kościoła katolickiego. Biskupi i przeorzy wielkich klasztorów byli właścicielami ogromnych majątków i doradcami na dworach królewskich. Dlatego też pojawiły się protesty skierowane w stronę Kościoła. Oburzenie przerodzi się w jawny bunt w związku z praktyką sprzedaży odpustów, czyli odpuszczania grzechów za odpowiednią opłatą. W 1517 roku Marcin Luter – niemiecki mnich wywiesił na drzwiach kościoła w Wittenberdze 95 tez, w których udowadniał;, że odpusty są niezgodne z nauka Chrystusa i stanowią zwykłe nadużycie religijne. Tezy Lutra upowszechniły się w całych Niemczech i zdobywały coraz więcej zwolenników. Wkrótce reformatorzy założyli własny Kościół, który nazwali protestanckim.
Luter nauczał, że ludzie muszą opierać swoją wiarę na Biblii, bez pośrednictwa papieża i księży. Obok luteranizmu pojawiły się też inne protestanckie doktryny religijne. Twórcą jednej z nich był Jan Kalwin, który za podstawę wiary również przyjmował Biblię, ale uważał, że nie należy jej interpretować dowolnie. Głównym punktem doktryny Kalwina była nauka o przeznaczeniu. Obok tych dwóch odłamów protestanckich pojawiła się w 1534 r. religia anglikańska, podczas gdy Henryk VIII, król Anglii, zerwał z Rzymem i ogłosił się głową kościoła w Anglii.
Podczas gdy do Polski zaczęły napływać drukowane pisma Marcina Lutra, duchowni zaczęli opuszczać celibat i zaprzeczali potrzebie istnienia hierarchii kościelnej. Zaczęto krytykować życie zakonne, sakramenty oraz sprzedawanie odpustów. Najszybciej poglądy Lutra przyjęły Prusy Królewskie, Toruń i Gdańsk. W kwestii kalwinistów działających w Polsce, nastąpił w latach 1562-1565 rozpad na dwa zbory: mniejszy i większy. W ten sposób powstało w Polsce nowe ugrupowanie religijne jakim byli Bracia Polscy, czyli inaczej Arianie.
Poszczególnymi etapami reformacji był Sobór Trydencki, który odbył się w latach 1545-1563, na którym m.in. sporządzono systematyczne wykazy” książek zakazanych”, czyli indeksy. Kolejnym etapem było uchwalenie przez papieża statutu zakonu jezuitów, założonego przez Ignacego Loyolę.
Po postanowieniach z Soboru Trydenckiego kościół katolicki w Polsce przeszedł do kontrofensywy, początkując tym samym kontrreformację. W ramach kontrreformacji w 1564 roku kardynał Stanisław Hozjusz powadził do Polski jezuitów, którzy oddziaływać mieli na społeczeństwo poprzez sieć kolegiów. Jezuici byli również spowiednikami oraz położyli zasługi w reformach politycznych. Szeroko zakreślona była również działalność biskupów, którzy zaczęli wizytować podległe im parafie.
Polska powszechnie uważana była za kraj tolerancji religijnej. Tolerancję tą gwarantował Akt Konfederacji Warszawskiej, który później został włączony do artykułów henrykowskich. Trzeba również wspomnieć o Unii brzeskiej, dzięki której powstał kościół grecko-katolicki .Tak więc, Kalwini, Luteranie oraz bracia czescy połączyli się tworząc tym samym wyznanie polskie. Reformacja udowodniła, że w Kościele katolickim niezbędne są reformy. Rozpoczęto więc dzieło odnowy, kładąc nacisk na wzmocnienie wewnętrzne Kościoła. Zreformowany i skonsolidowany Kościół przystąpił do walki z reformacją. Trwała ona do połowy XVI do początków XVII w. Okres ten, w którym rozgorzały w Europie straszliwe wojny religijne i prześladowania, nazywamy czasami kontrreformacji.
