Topografia współczesnego Bałtyku jest wynikiem działań kilku działających, bądź kolejno zmieniających się, czynników jak najściślej jednak związanych z procesem zlodowacenia. Czynniki te to:
. Cofanie się lądolodu, ściślej mówiąc, stopniowe topnienie lodowca, który pokrywał masyw Skandynawski. W związku z tym wyzwalały się ogromne ilości wód, spływających rzekami po przedpolu lodowca w kierunku południowym lib ku zachodowi, wody te wypełniały zagłębienia terenowe.
. Żłobiąca rola lodowca. Cały obszar Bałtyku właściwego z jego głębokimi rynnami to dzieło lodowca.
Potężny nacisk lodowca spowodował pewne pogrążanie się skorupy ziemskiej w bardziej plastyczne podłoże. Następstwem tego ruchu pionowego było wtargnięcie wód z otwartego morza od zachodu. Gdy lądolód znów topniał i obszar Skandynawii znalazł się pod mniejszym ciśnieniem, równowaga izostatyczna została zakłócona i zaznaczył się ruch powolny i stopniowy w przeciwnym kierunku, który trwa do dziś.
. Topnienie lodów na obszarze półkuli północnej i wyzwolenie ogromnej ilości wody, spowodowało transgresję morza w lądowe zagłębienia i niziny.
W oparciu o topograficzne dane, dobrze rozwiniętą linie brzegową, obecność szeregu wysp oraz urozmaiconą rzeźbę dna możemy wyodrębnić (w obszarze morza) oddzielne trzy akweny (baseny): południowy – Basen Bornholmski, środkowy – Basen Gotlandzki i północny – Basen Botnicki.
W Basenie Bornholmskim pierwsza z kolei Głębia Arkońska, nieznacznie przekraczająca głębokość 50 m,sięga po wyspę Bornholm, druga rozleglejsza i głębsza Głębia Bornholmska, o maksymalnym zagłębieniu 105 m, znajduje się na wschód od wyspy. Od północy łączy je Rynna Bornholmska, położona między Bornholmem a wybrzeżem szwedzkim. Rynny nader charakterystyczne dla topografii dna Bałtyku, stanowią węższe wydłużone zagłębienia łączące rozleglejsze głębie.
Basen Gotlandzki, najrozleglejszy i najgłębszy, o południkowym przebiegu, sięga po wyniosły rejon pasma Wysp Alandzkich i szkier fiński, który oddziela go od Basenu Botnickiego. Rozległa Głębia Gotlandzka, o maksymalnym zagłębieniu 250 m, leży na wschód od wyspy Gotlandii, nieco na północny-zachód od niej, między Gotlandią a Sztokholmem znajduje się najgłębsze miejsce na Bałtyku – Jama Landsort (459 m). W południowym rejonie Basenu Gotlandzkiego leży Głębia Gdańska (113 m), połączona z Głębią Bornholmską Rynną Słupską.
W przeciwieństwie do obu omówionych basenów tworzących Bałtyk właściwy Basen Botnicki jest raczej wielką zatoką, przedzieloną wyniosłością dna, wynoszącą się na 30-50 m pod powierzchnię wody, na dwa rejony: południowy, głębszy maksymalnie do 294 m, tzw. Morze Botnickie i północny – właściwą Zatokę Botnicką, o największym zagłębieniu 140 m.
Głębie i łączące je rynny szczególnie charakterystyczne dla topografii dna, razem z wyniesionymi piaszysto-kamienistymi ławicami (Odrzana minimalna głębokość 6 m, Orla 5 m, Słupska 8 m, Hobufg 12 m, i Środkowa 9 m) będącymi pozostałością moren, świadczą o przeważających wpływach lodowcowych, tak wyraźnie zaznaczonych w rzeźbie dna Bałtyku. Naturalna regionizacja morza wypływa z tej lodowcowej rzeźby.
Zatoki Morza Bałtyckiego również mają dno urozmaicone. W Zatoce Fińskiej, wzdłuż jej osi ciągnie się głęboka rynna (średnia głębokość 100 m, maksymalna 123 m). Zatoka Ryska jest akwenem płytkim ze średnią głębokością 23 m i maksymalnymi głębokościami w środku akwenu do 62 m. W Południowym Bałtyku można wyróżnić jeszcze dwie mniejsze zatoki: Pomorską (głębokość maksymalna 15 m) i Gdańską (116 m) mające dość szerokie połączenie z Bałtykiem oraz typowe zalewy przybałtyckie – płytkie (głębokość rzędu kilku metrów), o stosunkowo dużej powierzchni i wąskim połączeniu z morzem: Zalew Szczeciński (powierzchnia 678 km2), Zalew Wiślany (838 km2) oraz Zalew Kuroński (1613 km2).
Morze Bałtyckie ma wiele wysp, największe z nich to Fionia, Zelandia, Lolland, Falster i wiele innych w Morzu Bełtów oraz Bornholm, Rugia, Gotlandia, Olandia, a także Sarema, Hiuma i inne u brzegów Estonii oraz Wyspy Alandzkie i pojedyncze wyspy w Zatoce Botnickiej.
Dzięki takiej właśnie topografii Bałtyk możemy podzielić na dwa zasadnicze różniące się warunkami hydrologicznymi części, oddzielone od siebie barierą Wysp Alandzkich: część północną – botnicką i część południową obejmującą pozostały obszar Bałtyku. Gdy wpływający z Morza Północnego prąd przydenny płynie z zachodu na wschód, droga jego prowadzi jak na rys. 2, a więc od Głębi Arkońskiej przez Rynnę Bornholmską do Głębi Bornholmskiej, a następnie przez Rynnę Słupską do Głębi Gotlandzkiej i Głębi Gdańskiej. Przeprowadzony wzdłuż tej linii przekrój dna wskazuje wyraźnie naturalny podział naszego morza na omawiane wcześniej baseny. Podział ten ma zasadnicze znaczenie dla życia w tym morzu.
