Jednym z postulatów ruchu egzekucyjnego było ściślejsze zespolenie Litwy z Koroną. Zainteresowana takim związkiem była szlachta litewska. Ważnym krokiem na drodze do unii było zrzeczenie się przez króla Zygmunta Augusta dziedzicznych praw do Litwy. Wydane ( 1522, 1566 ) Statuty Litewskie przybliżały ustrój Litwy do ustroju politycznego Korony. Statuty kodyfikowały prawa i samorząd szlachecki na Litwie. Reformę tą poprzedziło formalne zrównanie kniaziów i panów litewskich ze szlachtą polską. Takie same prawa otrzymali katolicy i prawosławni. Na Litwie rozpoczęły swą działalność sejmiki szlacheckie oraz sądy grodzkie i ziemskie. Decyzje te tworzyły przesłanki do zacieśnienia związku polsko – litewskiego. Stało się to na sejmie w Lublinie, który rozpoczął się w styczniu i trwał do lipca 1569 roku. W dniu 1 lipca akt unii został wystawiony przez sejmy polski i litewski, a 4 lipca przez Zygmunta Augusta. Król wcielił do korony Podlasie, Wołyń, Podole i Kijowszczyznę. Przeciwko tej decyzji protestowali magnaci litewscy ( między innymi Mikołaj Krzysztof Radziwiłł ), próbując zerwać obrady sejmu.
Akt unii ustanawiał wspólnie dla Polski i Litwy władze: króla, sejm i senat. Wspólna miała też być polityka zagraniczna. W obu połączonych państwach wprowadzono wspólną monetę. Odrębne natomiast pozostawały urzędy, skarb, wojsko i sądownictwo. Już nie osoba władcy, lecz wspólne instytucje państwowe łączyły unią realną Litwę i Koronę.
Połączone państwa i narody utworzyły Rzeczpospolitą Obojga Narodów. Polacy i Litwini mogli osiedlać się na całym terytorium państwa. Dla szlachty polskiej otworzyły się atrakcyjne pod względem ekonomicznym obszary Wołynia i Naddnieprza. Powoli rozbudowały się tam wielkie majątki magnackie, których właściciele z czasem zyskali sobie określenie królewiąt kresowych.
Historycy dostrzegają różnorakie konsekwencje unii lubelskiej tak dla Polski, jak i Litwy. Często zwracają uwagę na następstwa tego aktu odczuwane do dziś.
Litwa i ziemie ruskie były słabo zaludnione i znacznie opóźnione gospodarczo względem ziem koronnych, szczególnie zaś Prus Królewskich, czy Wielkopolskich. Nadwerężyło to układ społeczno – ekonomiczny Rzeczypospolitej Obojga Narodów i utrudniło rozwój gospodarki towarowej. Unia spowodowała też większe zaangażowanie Korony w sprawy wschodnie, związane z konfliktem litewsko – moskiewskim, sprawę Inflant i obrony południowych rubieży przed zagrożeniem tatarsko – tureckim. Następstwa unii zmuszały Rzeczpospolitą do zwiększonego wysiłku militarnego na wschodzie i prowadziły w znacznym stopniu do zaniedbania polskich interesów na zachodzie i osłabienia jej pozycji wobec Habsburgów i Hohenzollernów.
Unia miała poważne konsekwencje w dziedzinie kultury. Podźwignęła kulturalnie Litwę i przybliżała jej europejskie dziedzictwo.
Współżycie wielu narodów w jednym państwie powodowało przenikanie się kultur: litewskiej, ruskiej, polskiej, także żydowskiej, tatarskiej i ormiańskiej.
Pierwsze bezkrólewia
Bezpotomna śmierć ostatniego Jagiellona w 1572 roku stworzyła nową sytuację polityczną, ale nie przerwała nurtu reform państwowych. Zmieniła jednakże ich kierunek. Konieczne stało się opracowanie formy elekcji przyszłego króla oraz zapewnienie porządku wewnątrz państwa. W kraju narastał spór religijny i polityczny. Obóz egzekucyjny pozostawał dość mocno zróżnicowany co do wyboru interrexa – godności i urzędu zastępującego władcę w czasie bezkrólewia. Różnowiercy opowiadali się za osobą wojewody krakowskiego, protestanta Jana Firleja, który był zarazem marszałkiem wielkim koronnym. Senatorowie i szlachta katolicka chcieli, by godność interrexa przypadła prymasowi Jakubowi Uchańskiemu. Ostatecznie funkcję tę powierzono prymasowi, co stało się zwyczajem aż po czasy rozbiorów.
Jeszcze przed pogrzebem ostatniego Jagiellona zawiązały się w ziemiach i województwach konfederacje szlacheckie ( kaptury ). Czuwały one nad bezpieczeństwem publicznym oraz sprawowały władzę w ziemiach. Zorganizowano także sądy.
Zimą 1573 roku zorganizowano w Warszawie zjazd generalny szlachty. Obradował on jako sejm konwokacyjny ( convocatio – zwołanie ). Zgromadził on większą niż zwykle liczbę posłów szlacheckich, bo też decyzje na nim podejmowano bez udziału pierwszego ze stanów sejmujących – króla. Walka polityczna rozgorzała wokół sprawy miejsca elekcji. Brane były pod uwagę Warszawa i Lublin, położone bliżej Litwy. Na Lubelszczyźnie protestanci tworzyli znaczną siłę, podczas gdy na Mazowszu przeważała uboga i wierna w zdecydowanej większości katolicyzmowi drobna szlachta. Sejm zgodnie z wolą senatorów zdecydował, że miejscem przyszłej elekcji będzie wieś kamień pod Warszawą. Szlachcie średniej udało się przeforsować propozycję głosowania województwami. Ustalono, że wybór króla odbędzie się viritim ( mąż w męża ), czyli przez całą szlachtę, która mogła, chociaż nie była do tego zobowiązana – wziąć udział w elekcji. Wiadomo było, że w obiorze króla najtłumniej weźmie udział szlachta mazowiecka, mniej licznie szlachta z odległych ziem.
Podpisany w styczniu 1573 roku akt konfederacji warszawskiej był wielkim sukcesem różnowierców. Wprawdzie akt ten został podważony przez episkopat i zabrakło jednomyślności przy jego uchwaleniu, stworzył on jednak gwarancje prawne dla współistnienia wyznających różną wiarę mieszkańców Rzeczypospolitej. W przyszłości okazało się jak kruche były jego podstawy.
W elekcji, która odbyła się w kwietniu i maju 1573 roku kandydowali do korony polskiej arcyksiążę Ernest Habsburg, car Iwan Groźny, królewicz francuski Henryk Walezy i Jan III Szwedzki, mąż Katarzyny Jagiellonki. Na pole elekcyjne przybyły więc poselstwa różnych mocarstw.
Szlachta głosowała bezpośrednio i indywidualnie, lecz – województwami. Wybór padł na Henryka Walezego, któremu sejm elekcyjny w maju 1573 roku przedstawił szereg warunków. Król miał uznać prawa szlacheckiej Rzeczypospolitej, zwane odtąd artykułami henrykowskimi. Obejmowały one wszystkie otrzymane dotąd przez szlachtę przywileje oraz określały zasady ustroju państwa. W szczególności precyzowały uznanie elekcyjności tronu przez króla i jego zobowiązanie do regularnego zwoływania co dwa lata sejmu. Kontroli sejmu podlegała polityka wewnętrzna i zagraniczna, a ważne decyzje miał władca konsultować z senatorami, stale rezydującymi na dworze. W artykułach henrykowskich znalazły się także postanowienia dopuszczające wypowiedzenie posłuszeństwa monarsze, który łamałby prawa Rzeczypospolitej. Postanowienia jakie zawierały artykuły obowiązywały odtąd każdego obranego króla. Niosły ze sobą także zmianę polegającą na wypracowaniu zasady, iż cała osiadła szlachta dysponowała prawem wyboru króla. To wzmocniło prawa polityczne szlachty i w praktyce uzależniło od niej elekcyjnych władców.
Obok artykułów henrykowskich obowiązywały króla – elekta pacta – conventa. Były to doraźne zobowiązania wybranego króla na rzecz państwa i szlachty.
Henryk Walezy miał, na przykład, spłacić długi Zygmunta Augusta, wybudować flotę na Bałtyku i wykształcić na własny koszt stu synów szlacheckich w uniwersytecie szlacheckim.
Koronacja Henryka Walezego odbyła się z opóźnieniem na sejmie w lutym 1574 roku. Król zaprzysiągł wówczas nie tylko artykuły henrykowskie i pacta conventa, ale także postanowienia konfederacji warszawskiej o pokoju religijnym.
Krótkie panowanie Henryka Walezego spowodowało podważenie zaufania szlachty do króla, który rozdawał urzędy ludziom sobie oddanym nie licząc się z tym, że w polskiej tradycji były one dożywotnie.
Wiadomość o śmierci króla francuskiego Karola IX, zarazem brata Henryka Walezego, dotarła na Wawel w połowie czerwca 1574 roku. Walezy ponaglany listami matki – Katarzyny Medycejskiej, opuścił Polskę i przez Śląsk oraz Wenecję przybył do Francji, gdzie objął tron jako Henryk III. Deklarował z Francji chęć utrzymania korony polskiej.
Szlachta oburzona postawą Walezego podejrzewała senatorów o współudział w jej przygotowaniu. Z trudem konstruowany przez szlachtę ustrój Rzeczypospolitej był zagrożony. Zjazdy szlacheckie oraz konwokacja i nowa elekcja ukazały podział wśród Polaków na grupę magnacko – senatorską i szlachecką. Senatorzy wybrali w 1575 roku królem cesarza Maksymiliana Habsburga, posłowie szlacheccy, wśród których prym wiedli Jan Zamoyski i Mikołaj Siennicki obwołali królem Annę Jagiellonkę, a na jej męża wybrali siedmiogrodzkiego księcia – Stefana Batorego. Sejm koronacyjny 1576 roku zakończył dwuletni okres bezkrólewia.
Problem zabezpieczenia tronu polskiego odżył dziesięć lat później po bezpotomnej śmierci Batorego. Kolejna, ponownie podwójna, elekcja z 1587 roku zaostrzyła walkę o tron Rzeczypospolitej. W szranki stanęli królewicz szwedzki Zygmunt Waza, siostrzeniec Anny Jagiellonki oraz arcyksiążę Maksymilian Habsburg. Ten ostatni ruszył ze zbrojną interwencją na Kraków, ale jego oddziały zostały odparte przez Jana Zamoyskiego. Zwycięstwo hetmana Zamoyskiego nad Maksymilianem pod Byczyną ( Śląsk ) oddano tron polski wnukowi Zygmunta Starego – Zygmuntowi III na ponad czterdzieści lat.
Bezkrólewia miały dla Rzeczypospolitej poważne konsekwencje ustrojowe. Społeczność szlachecka miała decydujące znaczenie w kreowaniu władzy królewskiej. Monarcha ponosił odpowiedzialność za rządy sprzeczne z prawem, aż do wypowiedzenia mu posłuszeństwa przez szlachtę włącznie. Rosła zatem ranga sejmu. Był on według artykułów henrykowskich instytucją funkcjonujących stale. Strukturę parlamentarną tworzyły trzy stany sejmujące: król, senatorzy i posłowie. Sejm był nadal czynnikiem centralizującym, rosła jednak samodzielność województw ( ile województw, tyle rządów ), szczególnie w czasie bezkrólewia. Władzą zwierzchnią w województwie stawał się sejmik, obejmujący miejscową szlachtę osiadłą. Szlachta ta mogła zbierać się i decydować o sprawach skarbowych, wojskowych i sądowych, a w razie niebezpieczeństwa zewnętrznego lub wewnętrznego organizowała obronę.
