Nawet energiczna działalność Traugutta nie mogła zapobiec klęsce. Rosjanie rozbili kolejno oddziały Borelowskiego i Czachowskiego, Mackiewicza na Żmudzi i Kalinowskiego na Białorusi. W końcu lutego udało im się rozbić w bitwie pod Opatowem oddziały z Gór Świętokrzyskich, dowodzone przez Ludwika Topora-Zwierzdowskiego, a także partie operujące na Podlasiu. Do kwietnia walczyło zgrupowanie Józefa Hauke-Bosaka, a w Lubelskim działał jeszcze, wycofawszy się z Grodzieńszczyzny, dzielny partyzant Walery Wróblewski.
W Poznańskiem i w Galicji sformowały się wprawdzie nowe siły, lecz nie były one w stanie wejść do walki, ze względu na ścisłe obstawiene granic przez wojska pruskie i austriackie. Najdłużej, aż do jesieni 1864 r., walczył oddział księdza Stanisława Brzóski na Podlasiu. Ksiądz Brzóska po ujęciu został powieszony w Sokołowie Podlaskim. Wreszcie stało się najgorsze, w kwietniu 1864 r. carska policja aresztowała Traugutta. Z wyroku sądu wojskowego został on powieszony na stokach cytadeli warszawskiej 5 sierpnia. Na obczyźnie próbował wznowić ciągłość władzy narodowej zbiegły z więzienia książe Adam Sapieha, ale już bez skutku. Wszelkie możliwości dalszego prowadzenia walki zostały wyczerpane.
Rząd carski, zaskoczony powstańczym dekretem uwłaszczeniowym, podjął wysiłki, aby osłabić wrażenie jakie wywarł on wśród chłopów i odciągnąć ich od powstania. W marcu 1864 r. ogłosił uwłaszczenie włościan w Królestwie. Reforma ta nadawała ziemię chłopom bez odszkodowania dla właścicieli. Oficjalnie odszkodowania przejął na siebie rząd carski, w praktyce pieniądze czerpano z podatków nałożonych na ludność.
