Równocześnie z wielostronnymi negocjacjami po stłumieniupowstania bokserów Rosja prowadziła rozmowy z rządem pekińskim. Rokowaniami rosyjsko-chińskimi żywo interesowały się inne mocarstwa, a zwłaszcza Wielka Brytania i Japonia, które obawiały się, iż Rosja może wymóc na Chinach zbyt duże przywileje. Kiedy warunki, na jakich Rosjanie byliby gotowi wycofać się z Mandżurii, stały się znane, mocarstwa zrobiły wszystko, aby Pekin je odrzucił. Gdyby zostały ono przyjęte, Mandżuria byłaby praktycznie zamknięta dla innych mocarstw poza Rosją. Rokowania zostały więc zerwane, a wojska rosyjskie pozostały na terenach Mandżurii. Rozmowy wznowiono po kilku miesiącach. Tym razem z głównym oświadczeniem wystąpiły Stany Zjednoczone, zwracając 3 lutego 1902 roku uwagę, iż uznanie monopolu rosyjskiego w Mandżurii naruszałoby zasadę otwartych drzwi. USA spodziewały się, że zaraz po Rosji podobnych praw zażądają Niemcy i Japonia.
Ostrzeżenia amerykańskie zbiegło się niemal z zawarciem 30 stycznia 1902 roku między Anglią a Japonią sojuszu wymierzonego przede wszystkim w Rosję, która zaniepokojona stała się bardziej skłonna do ustępstw. Dzięki temu 8 kwietnia 1902 roku zawarto układ między Chinami a Rosją przewidujący trzyetapowe wycofanie wojsk rosyjskich z Mandżurii do jesieni 1903 roku.
Rosja wycofała zgodnie z układem pierwszą część swoich sił zbrojnych, jednak dalsza ewakuacja spotkała się z silnym oporem dworu carskiego, dlatego przed drugim etapem Rosja przedstawiła dodatkowe żądania, z których najważniejsze dotyczyło nie udzielenia jakichkolwiek koncesji cudzoziemcom. W ten sposób Rosja powróciła do początkowych warunków, które Chiny, czując poparcie innych mocarstw, odrzuciły.
Wobec usztywnienia stanowiska w sprawie Mandżurii, Rosja zaczęła szukać innej zdobyczy na Dalekim Wschodzie. Jej celem były nie tylko północno-wschodnie Chiny, ale także Korea. Ten zniewolony kraj wydawał się łatwym łupem. Już pod koniec wieku przedstawiciele kapitału rosyjskiego uzyskali koncesję na eksploatację bogactw w dolinie rzeki Jalu. Awanturniczy rzecznik polityki podboju wobec Korei Aleksander Biezobrazow mianowany został przez cara sekretarzem stanu. Utworzono także Komitet Specjalny do spraw Dalekiego Wschodu, nadzorowany bezpośrednio przez Mikołaja II. Doradcy w pełni przekonali cara, iż skierowanie ekspansji na Daleki Wschód jest nie tylko korzystne, ale i bezpieczne. Zwycięska wojna była Rosji bardzo potrzebna także ze względów wewnętrznych. Zapotrzebowanie na wojnę i euforia militarystyczna panowały również w Japonii, która od czasu traktatu z Shimonoseki stała się ważnym czynnikiem stosunków międzynarodowych na Dalekim Wschodzie. Japonia nie pogodziła się też z pozbawieniem jej zdobyczy na półwyspie Liaotung, a umocnienie się Rosji w Mandżurii traktowała jako wyzwanie dla swoich dalekosiężnych celów. Głównym terenem rywalizacji stawała się Korea, której Japonia wyraźnie domagała się w sierpniu 1903 w rokowaniach z Rosją. Od jesieni tego roku oczywiste było, że państwo zmierza do wojny. Dzięki działaniom rosyjskich polityków car zgodził się na znaczne ustępstwa i Rosja przystała na uznanie ewentualnego protektoratu Japonii nad Koreą w zamian za wyrzeczenie się przez nią pretensji do wpływów w Mandżurii. Japonia jednak odrzuciła ofertę i w grudniowej nocie do Petersburga niedwuznacznie dała do zrozumienia, iż gotowa jest do zdecydowanych działań. W styczniu 1904 roku rząd carski wysyłał sygnały gotowości do ustępstw, ale było już za późno.
Japonia rozpoczynała wojnę w bardzo korzystnym dla siebie momencie, gdyż w owym czasie mogła liczyć na poparcie Anglii, Stanów Zjednoczonych oraz Niemiec. Rosja natomiast pozostała zupełnie osamotniona, gdyż jej jedyny sprzymierzeniec – Francja, poza niewielkim wsparciem finansowym nie udzielić jej żadnej pomocy. Ponadto, Rosja była kompletnie nieprzygotowana do wojny. Program rozbudowy floty został dopiero zapoczątkowany, a siły lądowe wymagały radykalnych zmian. Japonia doskonale zdawała sobie sprawę ze swojej przewagi.
Japonia zerwała stosunki dyplomatyczne z Rosją 6 lutego 1904 roku, a w nocy z 7 na 8 lutego flota japońska bez wypowiedzenia wojny napadła na okręty rosyjskie stojące w porcie Luszun. Mimo, iż flota rosyjska była liczniejsza od japońskiej, znajdowała się przede wszystkim na Bałtyku i Morzu Czarnym, co ułatwiło pokonanie jej przez Japonię na Oceanie Spokojnym. Bez większych przeszkód wojska japońskie zajęły całą Koreę i wprowadziły tam swój zarząd. Na mocy układów z Koreą z 23 lutego i 22 sierpnia 1904 roku, Japonia przejęła opiekę nad rodziną królewską i nadzór nad działalnością finansową i dyplomatyczną rządu koreańskiego.
Po wielkich klęskach Rosji w kwietniu 1904 roku armia carska poniosła w walkach nad rzeką Jalu, operacje przeniosły się na teren Mandżurii. W maju 1904 Japończycy zdobyli port Dalnij, a 2 stycznia 1905 roku port Luszun. Również wygranie przez Japonię walk pod Mukdenem, umożliwiło jej opanowanie dużej części Mandżurii. Prawdziwym szokiem dla Rosjan okazała się bitwa pod Cuszimą, którą rozegrała flota pod dowództwe admirała Zenobiusza Rożestwienskiego. 27-28 maja 1905 doznała ona pogromu, dzięki czemu bardzo przyspieszyła wybuch rewolucji w 1905.
W czerwcu 1905 z inicjatywą pokojową wystąpił prezydent USA Roosvelt. Propozycja została przyjęta i 9 sierpnie 1905 w Portsmouth rozpoczęła się konferencja pokojowa.
Trzy dni później Japonia odnowiła w Londynie traktat z Wielką Brytanią, którego nowa wersja rozciągała współdziałanie tych państw nie tylko na obszarze dalekiego Wschodu, ale także Indii.
W rokowaniach toczących się w Portsmouth mediacja Roosvelta okazała się bardzo pożyteczna. Jego wysiłki zostały uhonorowane w 1906 nagrodą Nobla. Na podstawie traktatu z 5 września, Rosja zmuszona była przyznać, że nie posiada w Mandżurii żadnych wpływów, że odstępuje w dzierżawę port Luszun i Dalnij oraz żelazną kolej łączącą Czang-czyn z Luszun. Szczególnie dotkliwy okazał się dla Rosji artykuł o ustąpieniu Japonii wyspy Sachalinu.
Zaraz po podpisaniu traktatu w Portsmouth Japonia zawarła 17 listopada 1905 roku oraz 24 lipca 1907 roku z Koreą układy ustanawiające protektorat nad tym krajem.
Konsekwencje wojny widoczne były na całym świecie. Przez swoją porażkę, pozycja Rosji wydatnie się zmniejszyła, przez co na długi czas jej dalekowschodnia polityka była mało skuteczna i defensywna. Sukcesem uznano doprowadzenie do ugody z Japonią na podstawie konwencji ogólnopolitycznej z 30 lipca 1907 roku, ustalającej strefy wpływów obu państw w Mandżurii. Osłabienie pozycji Rosji na Dalekim Wschodzie spowodowało skierowanie uwagi na Bałkany i Bliski Wchód. Stworzyło to nowe warunki do udziału Rosji w konflikcie kontynentalnym między Francją, Anglią a Niemcami. Anglia nie obawiając się już Rosji zaczęła szukać w niej sojusznika, co zaowocowało układem w 1907 roku. Rezultaty wojny wpłynęły w istotny sposób na ewolucję stosunków amerykańsko – japońskich. USA z niepokojem zaczęły obserwować umacnianie się Japonii i jej ambicji hegemonicznych w regionie.
