Związek Pruski.
Po wielkiej wojnie zaostrzyły się konflikty wewnętrzne w państwie krzyżackim:
a) zwiększenie podatków – niezadowoleni chłopi jaki i mieszcanie,
b) gospodarka miast pomorskich, zwłaszcza Gdańska cierpiała z powodu krzyżackiej polityki celnej,
c) problemy w handlu z Polską,
d) szlachta pruska zazdrościła szlachcie polskiej wzrastających przywilejów.
W 1440 powstał Związek Pruski – stworzony przez szlachtę i miasta Pomorza i Prus – zorganizowana opozycja przeciwko Zakonowi. Spory między Związkiem a Zakonem doprowadziły do rozwiązania Związku przez cesarza i rzucenia klątwy na jego członków przez papieża.
Inkorporacja Prus.
Rozwiązanie Związku Pruskiego doprowadziło (szlachta, miasta pruskie) do wypowiedzenia posłuszeństwa Zakonowi i rozpoczęcia powstania zbrojnego. Objęło ono zach. część Zakonu, powstańcy opanowali szereg miast i zamków. Jednocześnie do Kazimierza Jagiellończyka udała się delegacja Związku Pruskiego z prośbą o przyjęcie Prus i Pomorza pod zwierzchnictwo polskie. Król wydał 6 marca 1454 przywilej inkorporacyjny – Prusy i Pomorze zostały wcielone do Polski, zyskując szeroką autonomię. Jednocześnie król wypowiedział wojnę Zakonowi.
Wybuch wojny trzynastoletniej.
W momencie wybuchu wojny sytuacja Zakonu była ciężka. Krzyżacy niezdolni byli do wojny mimo, że mogli spodziewać się pomocy z Europy Zachodniej. Polska rozpoczęła działania sama ponieważ Litwa była w tej wojnie neutralna. Król zebrał pospolite ruszenie wielkopolskie w obozie w Cerkwicy, jednak uzależniło ono rozpoczęcie działań wojennych od uzyskania nowych przywilejów. Król nie miał wyjścia i musiał ulec żądaniom, początkowo nadał przywilej szlachcie wielkopolskiej, później w Nieszawie został rozciągnięty na całą Polskę. Przywilej cerekwicko – nieszawski – 1454:
a) ograniczenie swobody króla w polityce zagranicznej,
b) król nie mógł zwoływać pospolitego ruszenia bez zgody sejmików ziemskich,
c) sejmiki miały wyrażać zgodę na zmianę istniejącego prawa i na jakiekolwiek dodatkowe opodatkowanie przewyższające 2 gr. z łana chłopskiego.
Pokój Toruński.
Działania wojenne zakończyły się w październiku 1466 zawarciem drugiego pokoju w Toruniu:
a) do Polski powróciło Pomorze Gdańskie – po niemal 160 latach – utracona w 1308r.
b) powróciła także ziemia chełmińska,
c) do Polski przyłączono Warmię, Malbork i Elbląg,
d) ziemie te zostały nazwane Prusami Królewskimi,
e) reszta ziemi zakonnych ze stolicą w Królewcu stała się lennem Polski,
f) każdy wielki mistrz musiał po swoim wyborze składać hołd lenny królowi polskiemu,
g) wielki mistrz był też ograniczony w polityce zagranicznej,
h) zobowiązany był do udzielenia pomocy wojskowej w wojnach prowadzonych przez króla polskiego
Pokój toruński nie zakończył ostatecznie sprawy krzyżackiej. Próbowali rozluźnić zależność od Polski, odebrać utracone ziemie, w czym skłonni ich byli popierać: cesarz, papież i książęta niemieccy. W 1511 wielkim mistrzem został Albrecht Hohenzollern – próbował całkowicie się uniezależnić od Polski za pomocą poparcia księcia Brandenburgii i Moskwy. Wojna z 1519 – 1521 przyniosła wielkie sukcesy Polakom i Albrecht był zmuszony prosić o rozejm.
Hołd pruski.
W kwietniu 1525 doszło do zawarcia traktatu między Zygmuntem Starym z Albrechtem i uroczystego hołdu na rynku krakowskim. Albrecht jako lennik zobowiązany był do pomocy wojskowej i otrzymał godność członka senatu. W tarktacie przewidywano, że dziedziczyć tron mogą tylko jego rodzeni bracia, a w razie ich bezdzietności lenno miało wrócić do Królestwa Polskiego.
